作为一代开国皇帝，虽然他在历史上的名气远不如秦皇宋祖，但他的人气甚至比宋高宗还要高。原因是他死得太早，死得太懦弱，除了他“虽然司马瑞德很节俭，但他的雄武力量不足”。在异常死亡的开国皇帝中，恐怕只有东晋的司马瑞才能被臣子活活气死。
公元276年(咸宁二年)，司马睿出生于洛阳，祖父琅琊王司马周是司马懿的妃子，魏帝曹芳在开始时被封为南安亭侯。
曹魏时期，有一本广为流传的预言书叫《玄石图》，上面写着《牛继马后》的预言。司马懿请星象家关露占卜后代的运势。关露占卜的结果和《玄石图》没什么区别。司马懿不明白为什么。后来他位居太傅之职，权倾天下。他手下有一个叫牛金的将领，为他出生入死，立下了殊勋。司马懿突然被感动了。当他想到“牛继马后”的预言时，他非常忌讳。他担心牛金将来会对他的子孙后代不利，所以他派人邀请他参加宴会。酒中毒。牛金坦率，不小心。他“喝了就死”，所以他迷茫地死了。
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从那以后，司马懿以为牛金已死，子孙们可以高枕无忧地坐着享受福贵，却不知世事难以预料。司马懿的孙子司马圣袭击了琅琊王后，他的妻子夏侯氏被封为妃子。夏侯氏人很浪漫，不久就和王府也叫牛金的一个小官勾搭成奸，后来生下了司马瑞。正如史书所说，司马瑞不是皇族血脉，而是琅琊王府小吏牛金的儿子。只有“牛继马后”的传言，导致战将牛金被冤杀。后人戏谑地称司马睿为牛睿，如明朝思想家李芷，直称东晋为“南晋牛氏”，而不是司马氏。
“牛继马后”是指司马瑞是牛的儿子，牛姓代表司马继承皇位。除了《晋书》、《魏书》、《鹤林玉露》、《容斋随笔》、《宾退录》等历史文献也有相关描述。
司马睿成为皇帝的能力主要在于王导、王敦等人的包装和规划。当司马睿第一次来到建邺时，吴人没有把他当咸菜，因为他缺乏威望。一个多月后，仍然没有人来拜访，这让他感到非常尴尬和失望，干脆“以酒废事”。在王导的劝诫下，司马睿从醉生梦死中醒来。为了提高司马瑞的知名度指数，王导和表弟王敦利用3月3日的私人集会机会，与其他社会名人一起骑马，以反映司马瑞的崇高地位。看到这一阵势后，江东世家大族的头面人物纪瞻、颇荣等人都对司马瑞望风归服。鉴于王导王敦兄弟的支持，司马睿不仅给了他们高官厚禄，还和他们一起治理了国家。这就是“王与马共天下”的说法。
王导被疏远后，还能保持平常心，但王敦却没那么开心。在他看来，司马瑞可以成为皇帝，东晋可以偏安江南，王氏兄弟的功劳是一半。大兴三年(320)，王敦上疏，对王导“瞬间看到疏外”表示不满，并要求司马睿回忆起当年所说的“我与卿、茂弘(王导)当管鲍之交”。言下之意是指责司马睿言而无信，过河拆桥。这种奏疏到朝廷，被王导退回，而王敦又派人送司马瑞。司马瑞看到这种疏忽的心情，历史书上没有记载；但是一个臣子公开说他不是，司马瑞的沮丧和愤怒是不可避免的，所以“皇帝越害怕”。不久，司马瑞便“以刘奎为镇北将军，戴若思为征西将军，悉发扬州奴为兵，外以讨胡，实御敦也”。
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王敦是个聪明人，不难看出司马睿此举别有用心。但是，北伐名将祖琏等人的存在，让王敦知道自己不是对手，一直不敢动手。大兴四年(321)九月，祖提病逝，王敦自以为天下无敌，起兵对朝廷的计划也提上了议事日程。在永昌元年(322)正月，王敦以杀刘奎为名再次上疏，并在武昌起兵叛乱，江南大族沈充也起兵响应。在奏疏中，王敦还威胁司马睿以“奎首朝悬，诸军落退”就范。王敦兵到芜湖时，又上表大谈刁协的罪状，让司马睿杀了刁协。王敦甚至提出，如果不按照他的意愿去做，就像伊尹幽禁商太宗太甲一样，让司马睿改过自省，重新做人。司马睿“大怒”道：“是可忍的，也是不可忍的！”
愤怒属于愤怒，但王敦的实力不容小觑，因此，司马睿又开始笼络王导。永昌元年(322)三月，司马睿以王导为前锋大都督，亲自率军迎战，急招戴渊、刘奎前来救援。然而，在关键时刻，守城开门投降了周札，王敦兵没有血刃就进入了石城。司马睿忙着刁协、刘奎、戴渊等人夺回石城，但都遭遇了大败。戴渊、刁协被杀，刘琏投奔石勒，司马睿一败涂地，“官省奔散，只有侍中二人侍帝”。
无奈之下，司马瑞“脱军衣，穿着朝服”对王敦说:“我想在我身边，但当我早上走的时候，我还是邪恶的，为什么要把人困在这里？”也就是说，如果你想当皇帝，早告诉我，我会把王位给你，当我的邪恶之王。为什么要让人民受苦？在历代开国皇帝中，司马瑞是第一个也是唯一一个能被臣子搞得如此尴尬、如此懦弱、如此没有尊严的人。
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如果司马睿近似恳求，他并没有抚平王敦狼子的野心。司马睿看着王敦飞扬霸气，逼辱朝廷，鄙视皇权，却无能为力。司马睿在永昌元年(322)闰十一月去世，享年47岁。关于他的死，《资治通鉴》称“帝忧愤成病，闰月，自己丑，崩溃。魏书称“瑞畏迫于敦，居常忧愁，发病而死。“晋书称“闰月自丑，皇帝在内殿崩溃”，没有提到死因，显然是给司马瑞留了面子。
司马睿死后，儿子司马绍就位，继续受制于王敦。两年(324)6月，王敦死于太宁。司马绍铲除党羽后，下令将王敦“埋葬尸体，焚烧衣服，惩罚他”，最终为父亲司马睿发出恶意！
司马瑞是历史上第一个被臣子活活气死的皇帝