传说就在陈朝君臣大肆兴佛祈求佛神保佑的时候，北方隋朝决定用兵南下，用武力统一中国。开皇九年(589年)，隋朝军队南下，势如破竹，征服金陵，俘虏陈后主和陈朝公卿。因此，佛教没有给陈朝带来命运的转折点，南陈政权灭亡。
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在金陵换代易主之际，智凯带领门徒出走荆湘，云游江西、湖南。他试图借此机会摆脱世俗，远离政治，致力于弘法传教。然而，智凯此时的处境却相当尴尬。作为陈朝的护法师，有人注意到了他的下落，说有人干预了。有一次，他在荆州故乡集众讲经，却被当地官员干涉，不得不停止讲话，匆匆结束了集众讲话活动。这在智凯以前的佛教生涯中从未发生过，这极大地刺激了他，以至于他在临终前永远不会忘记这件事，并把它作为人生六大遗恨中的第五大遗恨写进了自杀遗书。
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但毕竟智凯是当时社会影响很大的一代益佛大师，在各行各业人士中享有很高的声誉。让这位曾经为陈朝布道护法的僧侣转向支持隋朝，以其杰出的佛教活动为新政权效力，这无疑对隋朝统治者巩固统治具有不可估量的社会影响和政治作用。基于这一考虑，隋文帝杨坚灭陈后不久，专门为智凯发出了以下文件:“皇帝敬问光宅寺智凯禅师:我在佛教，敬信情重。在过去的周武时期，他摧毁了佛法，做出了自己的愿望。他必须保护它，并被命令在天空中。他即兴复出。他依靠神力，法轮常转，十方众生都获得了利益。。。老师既去世了，修身化人，又奖进了僧侣，坚守禁戒，使见者钦服，闻就生善，方副大道之心就是出家之业。若身从道服，心染俗尘，非直含生等无归依，抑恐妙法之门更是诽谤。以同我心，宜相劝励。
这一法令反映了隋统治者对智凯的态度，既怀疑防范，又劝说笼络。随着朝代的变迁和时代的变迁，智慧积累了多年弘扬法律传教的经验，知道佛教的弘扬必须依靠现代政权。如果没有当代统治者的合作和支持，就不可能繁荣和弘扬佛教。在隋朝统治者的劝诫和鼓励下，他改变了态度，成为隋朝的支持者和支持者，积极寻找与隋朝统治者合作的机会。
南陈政权灭亡，智凯成为隋朝的支持和支持者