康熙26年(1687年)11月，小庄突然病倒。这种情况比以前任何时候都严重。康熙皇帝非常焦虑。他亲自去慈宁宫侍病，品尝汤药，日夜陪伴着祖母的病床。他还特意传唤了内阁:不要玩不重要的东西。
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虽然康熙皇帝召集了世界著名的医生，但他给刑部下了一句话：“我为太皇太后服务，朝夕承欢，谨遵慈训，竭诚奉养。现在太皇太后身体不适，我日夜牵挂，睡不着，默默祈祷上帝的祝福，延长太皇太后的寿命。上帝有好生之德，我愿以宽待世界为上帝祈祷上帝保佑太后。除了十恶不赦罪、贪官、光棍不赦罪外，所有内外刑事衙门都看到了监重人犯，其余都奉命监候死罪重犯，并减免了发落。
康熙把所有的希望都寄托在天堂上，当世界上所有的方法都失败了。康熙愿意做一切，只要他能让祖母生病。为了恢复太后，康熙愿意做违规的事情。
不久，康熙向几位大学士下了圣旨，说:“自从太后的圣体违和以来，各种治疗都是有效的，病逝逐渐增多，非常令人担忧。我夜以继日地担心，现在我想亲自去郊区，虔诚地祈祷和祭祀，以保佑太后的慈爱和雕像，永远得到康宁。我可以把我的意思传给九清。”
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九卿重臣得到圣旨后，上奏说:“皇帝孝顺，超越古代，太后违和。皇帝日夜在慈宁宫服侍，亲自调整诱饵，睡食俱废。圣孝之诚，必当感格穹顶。臣等愚见，似乎皇帝不必亲天祭，天心自为默佑。”
显然，虽然所有的大臣都不方便违背康熙的意愿，但他们仍然认为皇帝亲自去天坛致祭是不合适的。因此，他们委婉地提出了自己的意见，并通过大学士向康熙转奏。
康熙已经下定决心，不听众臣的建议。再一次，他发布了一个法令去天坛祭祀。法令发布后，没有人站出来阻止他。按照规定，祭祀前，一定要有一段时间只吃素食，以示对上帝的尊重。这个过程叫斋戒。因此，礼部上演:“请皇帝选择斋戒和祭祀日期。”
康熙立即说:“我在宫里，每天都在斋戒。我可以在明朝散步，祝贺和祈祷。”然后康熙皇帝带领王、贝勒、贝子、公众和文武官员走到天坛致祭。康熙皇帝亲自写了一篇祝文:
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“....值兹危险，方寸迷，敢洁择日，谨率群臣，呼吁皇穹，富有同情心和诚意，立垂昭鉴，俾沉迅速崛起，遐想延续。如果大数或穷，我愿意减少玄叶龄，以增加太后几年的寿命。因此，我在祭坛下祈祷，祈祷。”
34岁的康熙皇帝向上帝祈祷，愿意缩短他的生命，以延长太后的生命。这种真诚感动了所有在场的人。康熙皇帝经历了多少变化，把一个伟大的帝国带到了繁荣的时代。然而，在这个时候，他是一个孝顺的儿子和孙子，他哭了，痛苦了。
患病的孝庄，看到孙子这么孝顺，忍不住哭了起来。晚景是这样的，即使你遭受了更多的痛苦和困难，它也是值得的。她牵着康熙的手，认真地说：“因为我的老病，你日夜焦虑，尽力，所有的服用和饮食，一切都准备好了。我感到非常满意。你是如此的全心全意和体贴，以至于世界是如此的孝顺。我希望世界的后代，每个人的法国皇帝都是如此的孝顺。”
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此时，孝庄仍在思考国家和康熙的孝道，可以作为“孝道治国”的典范，使清朝更加和谐稳定。但康熙皇帝必然会被打倒。国王、贝勒、贝子、大学士、尚书、侍郎、侍卫等，跪在慈宁宫前，请皇帝回宫休息一下。
康熙不同意，说:“太后病了，渐渐觉得深沉。我很担心，很焦虑。即使我回到宫殿，我也会感到不安。我知道你在玩什么。”他还在等奶奶，安慰奶奶。
孝庄负担不起，警告孙子把清朝的一切都放在首位，不要为自己的私情感到感动。康熙含泪点点头。临终时，孝庄向孙子解释了最后一件事：“太宗文皇帝子宫长期以来一直在奉献，不能为我轻易行动。此外，我爱你的父亲和你，不忍心离开，为孝陵选择吉安的房子，我的心没有遗憾。”
康熙26年（1687年）12月25日，75岁的孝庄死于慈宁宫。在清廷公布的遗嘱中，孝庄简要讲述了他在努尔哈赤、皇太极和顺治三朝的经历，然后重点回顾康熙的经历，表达了他对孙子康熙和太平繁荣时期的满足。最后，他建议皇帝不情愿地哀悼自己，中外军事部长履行职责，承担无限的祝福。
这位为大清江山效力了近半个世纪的一代女政治家，就这样结束了她的一生。甚至她最后的遗嘱也体现了她一贯的风格:一切都是为了清朝。
康熙有个好祖母，孝庄也有个好孙子！康熙和孝庄的祖孙情！