阿里巴巴的哥哥一直反对忽必烈的汉化政策，双方进行了为期四年的激烈内战。忽必烈最终击败了阿里巴巴的哥哥军队，阿里巴巴的哥哥投降，被忽必烈禁止死亡（另一种说法是被忽必烈毒害）。
人物生平
汗位之争
蒙哥在位时，阿里不哥驻扎在大蒙古首都哈拉和林，一直反对忽必烈的汉化政策。蒙哥于1259年8月11日去世。1260年初，忽必烈从蒙古和宋朝的前线赶到燕京。他在燕京附近驻扎了近三个月。
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蒙哥汗亲征时留在镇漠北的阿里不哥，试图诱使忽必烈回到草地上，以迫使他屈服，再次名正言顺地登上大汗宝座。忽必烈清楚地意识到，在阿里不哥鞭长莫及的情况下，他在控制和调动进入汉地的蒙古军和汉军方面有着巨大的优势和便利。因此，他拒绝轻易离开经营多年的中原，贸然北上。双方使臣往返，谈判不断，矛盾日益激化。1260年4月中旬，忽必烈拘留阿里不哥派往燕京的心腹脱里赤，先发制人，在新建成的开平城宣布大汗。
忽必烈在漠南抢先，完全打乱了阿里不哥的预谋。阿里不得不在1260年夏天匆匆召集留在漠北的诸王宗戚，在驻夏据地阿勒泰山举行会议，并在会议上大汗淋漓。出席会议的，包括察合台哈刺旭烈的寡妻唐鲁忽乃妃、察合台孙阿鲁忽、窝阔台孙尔赤(合丹子)、海都(合失子)、术赤孙突然迷失了和合刺察儿、蒙哥子阿速台和玉龙答失、塔察儿子乃马台、别勒古台之子等。
就这样，出现了两大汗相抗衡的局面。似乎很少有东道王站在阿里不哥一边，但他从西道王那里得到的支持比忽必烈多。虽然当时正在经营西亚的弟弟徐烈唐和立国伏尔加河流域的拔都后玉别儿弟态度模棱两可，但他的儿子药木忽儿为徐烈唐留在漠北，最初支持阿里巴巴的哥哥。别儿哥做的硬币上刻着阿里不哥的名字，说明钦察汗国一直认为只有阿里不哥才真正代表了阿里不哥失败前的蒙古大汗系统。
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激烈内战
于是双方展开了激烈的内战，持续了四年。
1260年秋，阿里不哥兵分两条路，大举南下。由徐烈唐子药木忽儿、术赤后王合拉察儿统领的东路军，自和林逾漠南进。西路军由阿兰答尔领导，指向六盘山，旨在接受从四川前线退役的蒙哥攻宋主力。蒙哥死后，这支军队被阿速台控制。阿速台投奔漠北后，一直控制在阿里不哥的将军浑都海和哈拉不华手中。阿里不哥的左路军以宗王为帅，直接威胁汉地政治经济中心燕京。因此，忽必烈亲自带领军队逆之而上，以移相哥、纳邻合丹(合赤温孙)为前线。阿里不哥很难继续立足于和林，匆匆退到吉里吉思，吉里吉思是他继承的。忽必烈大概是跟帖干道，顺利进入和林。那时大约是当年初冬。那时和林城的残破也许相当严重，到达后不久，忽必烈就南往汪吉河(今翁金河)冬营地，以为是短期休息。阿里不哥生怕忽必烈乘胜追击，甚遣使假意求饶，并称待马力稍复，再赴阙谢罪。以汉地政局为念，忽必烈深留相哥镇漠北，自己冒着严寒南返。
南指六盘山的西路军虽然是偏师，但却牵动着川蜀关陕，使那里本已化险为夷的局面再次紧张起来。原来，早在廉希宪被命令宣抚京兆和四川时，屯兵观望六盘山的浑都海就试图联系刘太平、霍鲁怀和四川蜀军中亲阿里不哥的将军。廉希宪迅速决定杀死刘太平和霍鲁怀，以弱小的秦巩世侯汪家的军队拒绝阻止浑都海，“但张声势，使不得东”。浑都海果然中计，“闻京兆有备，遂西渡河，趋甘州”，采取了“重装北归，以应和林”的下策。关陕的危险必须安然解脱。然而，在阿兰答儿提兵和北归途中的浑都海会师后，这支军队又回到了东方，并派人与陇蜀将军预约。有一段时间，“人心危疑”，朝士至有捐弃两川、退守兴元的议议。两军兵锋第一次接手，朝廷先失利，使“河右大震”愈演愈烈。此时，忽必烈增派的诸王合丹(窝阔台)、哈必赤(合撒儿子)等率师与汪唯良、八春等“合兵复战西凉，大败之，俘斩略尽”。阿兰答儿、浑都海被俘。关陇遂安。
二年二月，中统命令燕京行省及各路宣抚使北上开平，会议军国大政。三月底，燕京省官毕集开平。2020年夏天，除了检查钱谷、丰富省部、提拔辅毕外，朝廷还为中央和地方政府制定了若干具体的行政条款。行政中心不仅调整和扩大，而且更明确地分为两个小组，包括史天泽、张文谦、王文统和廉希宪。秋天，又置大司农官，并置十道劝农使司，“为之使者，都取自故国老人、君子长者，亲行田里，以安辑，教之树艺”。
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战败远逃的阿里不哥，休息在吉利吉思；到1261年秋天，活力稍有规复，又举兵东来。他事先遣使向移相哥伪称率众来归，使移相哥疏于防备，因此突袭成功。移相哥大军崩溃，林城再次失守。十月，忽必烈率领诸路汉军和蒙古诸王所部再次北征。两军在昔木土脑之西相遇，阿里不哥首先因外刺部队溃败撤军。阿里不哥在阿速台率领的后继部队到达后，回到了军队。它的右翼被击败，左翼、中翼和忽必烈军战斗到晚上仍然不分胜负。双方引军后退，对抗大歧南缘。年冬末，忽必烈师还，“诏撤所在驻兵，放民间新签军”(元史世祖纪一)。情况似乎有所缓和。1262年，据守和林的阿里不哥被派往察合台唐鲁思的阿鲁忽拒绝接受命令，拦截了他收集的货物，于是愤怒地移到西部寻求阿鲁忽。阿里不哥知道，一旦西指挥兵，林终将不守，临行指令和林城长老，允许他举城归降忽必烈军。阿里不哥西迁后，忽必烈的部分果然不战而复和林。
1262年冬天，阿里的哥哥在击败阿鲁忽后驻扎在阿里麻里。他肆意杀戮和掠夺，伊犁河流域破碎。1264年春天，阿里麻里饿了，军心越来越松懈。阿里的哥哥别无选择，只能向忽必烈诚实。五年的汗水纠纷结束了。
这场内战导致了蒙古内部的巨大分裂。当时，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国都支持阿里不哥，只有伊尔汗国支持忽必烈。阿里不哥失败后，各大汗国纷纷独立。虽然蒙古有巨大的土地面积，但它没有统一的政权。这场纠纷客观上为蒙古军事贵族提倡“祖先灵活”，将统治中心从歧北移至漠南，更方便他们采纳汉法，加强对中原的统治，提供了合适的机会。
兵败去世
阿里不哥战败后，被忽必烈幽禁。
阿里不哥于1266年去世。(另一种说法是被忽必烈毒害。)
元废帝阿里不哥:元世祖忽必烈的弟弟爆发了激烈的内战