淳熙九年(1182年)，朱52岁时，将《大学章句》、《中庸章句》、《论语集注》、《孟子集注》四书合刊。之后，朱还在努力修改《四书集注》，临终前一天，朱还在修改《大学章句》。朱将《四书》定为封建士子修身的标准，《四书》构成了朱的一个完整的理学思想体系。元朝至明清时期，《四书集》长期以来一直受到封建王朝的青睐。作为治国的基础和人民思想行为的标准，它已成为封建科举的标准教科书。淳熙十年(1183年)，朱在武夷山九曲溪大隐屏峰脚下创建武夷精舍，致力于书立说，广收门徒，聚众讲课。淳熙十二年，朱到浙江，与陈亮展开义利王霸辩论，力陈浙学之非。
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淳熙十五年(1188年)十一月，上了《戊申封事》。主张“正心”、“任选大臣”、“振举朝纲”等事。淳熙十六年(1189年)，诏令朱知漳州。绍熙元年(1190年)，61岁的朱去漳州任职。漳州朱的所有政治变革主要体现在正经界、阴(免)横赋、敦风俗、播儒、劾奸吏等方面，而正经界则是他所有变革的灵魂。当地土地合并的趋势盛行时，官僚地主依靠这一趋势吞并了农民的耕地，税收并没有随地转移到地主身上，导致“田间税收不均衡”，失地农民被更严重地剥削，导致阶级矛盾加剧。
为此，朱提出行“经界”，即核实田亩，随地亩纳税。这一建议必然会减轻农民的负担，但却损害了大地主的利益，遭到后者的强烈反对，“经界”最终未能实施。在绍熙二年(1191年)正月，朱的长子朱学卒。听了噩耗后，朱无奈以治子丧祠。五月，朱迁居建阳。第二年，承父志建“竹林精舍”，后更名为“沧州精舍”，即淳佑四年(1244年)诏赐的“考亭书院”。
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绍熙五年(1194年)，湖南瑶民蒲来矢起义，震动朝野，湖南地方形势突然紧张。朱临危受命，除知潭州、荆湖南路安抚，送紫章服。有道家傲骨、忧国忧民心态强烈的朱，不敢推辞朝命，欣然拜命前往任。五月，朱到潭州。此时瑶民已败退深山，被困溪洞。朱采取了善后招抚怀柔政策，遣使招降瑶民起义军首领蒲来矢。朱的招抚遭到湖北帅王林的反对，因为镇压瑶民起义是湖北和湖南的共同行动。蒲来矢护送后，王林主张杀害警察。在入都奏事中，朱不得不直接向宋宁宗面恳，要求对瑶民“不失大信”。朱到任后，兴学校，广教化，督吏治，敦民风。位于湖南长沙岳麓山脚下的岳麓书院改建扩建，业余时间亲自来这里讲课，使岳麓书院成为南宋四大书院之一。
绍熙五年(1194年)八月，朱曦除了焕章阁待制兼侍讲。九月，朱在行宫便殿奏事。一是宋宁宗正心诚意，二是宋宁宗读经穷理，三、四、五是潭州善后事宜。10月14日，朱昭奉诏讲述《大学》，反复强调“格物、知识、真诚、正直、修身、齐家、治国、平天下”八目，希望通过矫正君德来限制君权滥用，引起宋宁宗和执政韩愈周的不满。因此，朱在朝代仅46日，就被宋宁宗批准辞去了待制兼侍讲的职务。
朱是如何治学勤政的？提倡正心、任选大臣、振举朝纲等