第三次荷印战争发生在1948年12月至1949年11月，这是印尼再次反对荷兰进攻的战争。
1948年，印尼陷入内乱，爪哇陷入混乱。迫害共产党人的“莱利芬事件”发生在今年9月。据估计，至少有8000人死于此次事件。在未来的逮捕中，“约有3.5万人被捕入狱”。印尼的内乱为荷兰提供了“粉碎共和国”的机会。
1948年12月18日，荷兰发动了第二次“警察行动”。印尼共和国的首都日被占领，苏加诺、哈达和其他印尼领导人被荷兰军队俘虏，印尼共和国的土地和人口大大减少。印尼军队再次退入山区，坚持游击战争，并在全国建立了游击行政区。
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1949年1月，美国开始向印尼渗透，并向荷兰施加压力。1月28日，联合国安理会通过了美国关于释放印尼领导人并“移交主权”的提议，要求荷印双方停火。1949年11月，荷兰和印尼在海牙签署了《荷兰-印尼协定》，规定印度尼西亚联邦共和国由印尼和15个联邦组成，荷兰、印度和尼西亚联邦由荷兰王国组成；荷兰女王是联邦国王，所有外交和金融贸易均由荷兰控制；印尼政府无权与其他国家签订贸易协定和条约，并要求偿还对荷兰和其他国家的43亿盾债务；荷兰军事代表团和荷兰官员仍留在印尼。荷兰同意将除西伊里安以外的所有领土主权移交给印尼联邦共和国。根据这一协议，荷兰将除西伊里安以外的所有领土主权移交给印尼联邦共和国。印尼联邦于12月19日正式成立。27日，移交主权仪式在荷兰和印度首都阿姆斯特丹和雅加达举行。荷兰在印尼殖民统治了340多年，荷兰东印度当局被撤销，印尼联邦参加了荷印联邦。
荷兰-印尼联邦于1954年8月被取消，荷兰军事代表团和荷兰官员全部撤离印尼。
1956年4月，在苏联、中国等国的支持下，苏加诺宣布废除荷兰-印尼协议，印尼成为一个完全独立的主权独立国家。
1957年12月8日，印尼总理兼国防部长朱安达宣布，印尼所有荷兰种植园、种植园附属工厂和农业试验站均由印尼政府控制。9日，陆军参谋长纳苏蒂安和财政部长斯拉梅特发表联合声明，宣布对荷兰银行雅加达总行和其他地方分行实施军事控制，包括小公银行、安达银行和亦土公银行。@ 在东爪哇、西爪哇、北苏门答腊和苏拉威西的望加锡，印尼的工人和年轻人接管了一些荷兰银行和企业，或监督它们。
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1959年，西伊里安仍在荷兰统治下举行选举，成立巴布亚议会，并准备在1961年4月5日独立。当时，议会决定新成立的国家名称为西巴布亚，新国徽、新国歌和以晨星为图案的新国旗。1961年12月1日，新国旗升起，并与荷兰国旗并排。1961年12月18日，印尼派兵占领西巴布亚，宣布西巴布亚是印尼的一个省——伊里安查亚省。到目前为止，荷兰的势力已经完全退出印尼群岛，荷兰在亚太地区的所有殖民地都已经丧失。
荷印第三次战争是怎么发生的？荷兰最终退出印尼了吗？