在澎湖海战中，清军的胜利不仅离不开战舰装备精良、士兵勇敢的作战，也离不开作战指挥的正确性。清军水手指挥官施琅“治军严整，通阵法，特别擅长水战，熟悉海中风候”，所以指挥有很多独特之处。在渡海时间上，他选择了西南风起始的6月中旬，反过来，在东北风季渡海的传统。
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实战证明，这一选择是正确的，它保证了清军水师在发动总攻前的安全锚泊。过去，从大陆到台湾，都是从金、厦出航，施琅又一反惯例，将出航点选在南面的铜山岛。从铜山出航后，水师可以利用西南风直接前往澎湖以南郑军未设防的岛屿，作为前进基地，然后向北转移到澎湖海域，始终处于顺风顺流的有利地位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深知海情的施琅是众所周知的，在初战小挫之后，立即抓紧再战准备，不失时机地发动总攻。施琅除了分兵二路，从东西两个方向假装拦截外，还在主攻方向集中了56艘主力军舰，并以五艘船共同攻击一艘船，逐渐歼灭了郑军的主力军，而清军的水手却没有一艘船损失。在海战史上，一场大规模的海战，如此悬殊的损伤也是罕见的。
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为什么澎湖海战明郑失败了？
1、防御部署上的错误。郑军只注重防御北山、西屿、北山等大岛，而忽视了八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等小岛在八罩水道以南的设防，使南方的清军水手能够利用这一点，成为清军驻扎、休息和攻击的前进基地。
消极防御，耽误战斗机。当清军水师航行30多小时到达澎湖时，郑军宣义左镇邱辉对刘国轩说：“当他第一次乘另一艘船到达时，安澳还没有确定，士兵们的心还在摇晃。回族愿意让十艘船烦恼，但他赢得了左虎卫江。建威中镇黄良姬也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。刘国轩说：“炮台处处守卫，湾泊在哪里？在这六月，一旦风起，彼此怎么容身？这是可以等待劳动，不战可以收全功。“随后，清军水师顺利抵达澎湖，环泊花猫二屿。邱辉还建议：“乘夜潮，冲舟宗击之”，再次被拒绝。16日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍然没有采纳，理由是等待飓风使彼自覆。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营不定可击，乘虚可击；今敌患三者，不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，怎么办？“刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃了歼灭敌人的有利战斗机，把获胜的希望完全寄托在可预见和不可避免的风暴上。结果，战争在风到来之前就被打败了。
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三、冒险决战，全军覆没。在战史上，由于教练胸无全局，从消极防御到冒险决战的事件时有发生。郑军的作战方针原本以澎湖为重点，刘国轩本人也不愿主动出击，而是希望海上风暴能使清军不战而败。在这种情况下，要充分利用防御工事，保持有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，施琅发起总攻时，也率领全海军迎战，终于全军覆没。
为什么澎湖海战清朝会胜利？原因是什么？