面对虎狼般的嘎尔丹，朝廷出现了不同的意见。有人提出西北路途遥远，兴师前往未必能消灭，主张先不行动。康熙皇帝坚决反对这一观点，指出只有边境稳定，国家才能长期稳定，决不能试图暂时稳定，他决心亲自征服。康熙29年2月(公元1690年)，康熙皇帝组织两支大军，以抚远将军、皇长子尹为副统领，由内部大臣佟国纲、佟国维参赞；以和顺恭亲王常宁为安北大将军，以和硕简亲王雅布、多罗信郡王鄂扎为副统领，由内部大臣索额图、明珠、阿密达参赞。
7月14日，康熙皇帝本人带领禁军从京师出发，10天后驻扎在博洛和屯，统筹全局，就近指挥前线战役。康熙皇帝在前往博洛和屯的路上感冒了，病情更严重。在大臣们的请求下，他决定暂时返回北京，但前线作战的具体部署仍由他决定。清军分两条路出发后，按照各自预定的路线行军。左路军副将胤羲听了别人的诽谤，同福全关系不和，私下向康熙皇帝陈奏起诉。
康熙皇帝担心银在军中扰乱军心，立即下令将其调回京师，并派康亲王杰书带领军队与福全会合。由于几天的延误，左路军北上的时间被推迟，导致常宁率领的右路军独自深入。在乌珠穆沁与克什克腾旗交界处遇到加尔丹军队后，他输给了对方，向南撤退。噶尔丹趁势继续用兵，占领乌兰布通，距离福全军只有30英里。康熙皇帝得到报告后，命令常宁迅速与福全会合，在乌兰布通攻击加尔丹；与此同时，杰书率兵西进，驻扎在归化城，切断了加尔丹西撤退的途径。
这时，噶尔丹被清军左右两路攻击，但他依靠乌兰布通的有利地形，在山林深处扎营扎寨。战前，加尔丹设计了一个“骆驼阵”，将成千上万只骆驼的腿绑起来，用湿毛毡覆盖，作为掩体，士兵们从缝隙中发射弓箭和枪支。有了这样的驼阵，嘎尔丹可以进攻和防守。战争开始后，驼阵确实发挥了显著的作用。清军用弓箭和火铜攻击无效，缺乏掩体保护，伤亡惨重。佟国维在冲锋中阵亡，前锋参将格斯泰和前锋领导迈图也在战斗中牺牲。康熙皇帝得知前线被困在“驼阵”，即命令费扬古率领八旗炮兵营携带红衣大炮参战。
在大炮的攻势下，骆驼扑地，加尔丹的工事被毁，清军趁势发动冲击，加尔丹被打败。第二天，噶尔丹组织部队北撤，并派济隆活佛到清军营游说，说再也不进入喀尔喀了。福全中了加尔丹的缓兵之计，命令自己的部队和其他部队停止进攻。康熙皇帝收到前线好消息后，下令追敌，不留后患。五六天后，当福泉接到康熙皇帝的命令时，加尔丹率领残部远离，追逐敌人已经太晚了。就这样，乌兰布通大捷的胜利成功落空。
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乌兰布通战役结束后，加尔丹带领残部2000多人回到科布多，当时他的营地和妻子的家人被侄子阿拉布坦洗劫一空。但是嘎尔丹还是贼心不死，一边休息一边东山再起；争取沙俄的支持。康熙三十三年(公元1694年)，康熙皇帝为了调整准格尔部与土谢图汗等部门之间的矛盾，多次约嘎尔丹参加会议。但是，噶尔丹拒绝接受清廷的邀请，反而蛮横地要求清政府交出土谢图汗和哲布尊丹巴，否则将继续使用喀尔喀。
第二年，噶尔丹认为自己有足够的力量再次攻击喀尔喀蒙古，并威胁要在冬后攻击漠南。康熙皇帝召集朝中三品以上武官，讨论征剿方案。许多大臣主张距离太远，在沙漠地区运输武器、粮草并不容易。他们建议康熙皇帝不要轻举妄动。费扬古将军主张出兵进剿，认为如果不尽快根除噶尔丹，北部边疆一定会有无尽的后患。康熙皇帝经过多次听取大学士意见和议政王大臣会议的讨论，决定再次率兵亲征。
康熙三十五年(公元1696年)2月，康熙皇帝下令军队分为三条路，其中黑龙江将军萨布素率领东路军从兴安岭克鲁伦河出发；抚远将军费扬古率领西路军从宁夏穿越沙漠，沿翁金河北上，切断了加尔丹的退路；康熙皇帝率领中路主力出独石口到克鲁伦河，与东西路军合作进攻。经过59天的艰苦历程，康熙皇帝率领的中路军在无边无际的沙漠和草原上行驶了数千英里，终于在5月初五从科图接近加尔丹。
西路军路过的草被加尔丹烧毁，只能迂回前进，行程速度受阻；东路军未能按时到达预定地点，给中路军带来不利局面。这时又有传言说沙俄出兵援助，大学士伊桑阿担心中路军被敌人攻击，建议康熙皇帝带领中路军撤退。康熙皇帝严厉谴责了这种害怕敌人的言论，称亲征必须歼灭加尔丹。经过分析和讨论，康熙皇帝命令中路军继续前进，并将团队分成两条路，一路占据克伦和左岸的山麓高度，假装大部队将经过那里，然后带领另一条路前进，并在克鲁伦河地区攻击加尔丹。
加尔丹不相信康熙皇帝会亲征。当他从清军放回的俘虏那里得知康熙皇帝确实亲征时，他走到山上，向远处望去，发现“皇营黄战龙标准，环绕着窗帘城，外面是网城，军容山立”，于是命令下属抛弃庐帐和武器，连夜逃跑。康熙皇帝率兵渡过克鲁伦河后，抵达巴彦乌兰。结果，他扑了一空，立即率领三名总兵，选出精兵轻骑，追上了加尔丹。同时，费扬古率西路军疾驰至昭莫多设伏拦截。
在康熙皇帝的带领下，轻骑连续五天追击，但由于粮薪供不应求，不得不停止。五月十三日，费扬古则督兵星夜奔驰，终于在敌人面前赶到昭莫多。随后，根据康熙皇帝的部署，费扬古命令部分旗兵下马步行，在昭莫多东部排队；同时，骑兵主力隐藏在图拉河对岸的密林中。布阵结束后，噶尔丹的部队已经到了距离昭莫多30英里的地方，费扬古派出400名骑兵迎战，并以战而退的方式将其引向昭莫多。
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噶尔丹一路直追，想最后在昭莫多猛扑清军各制高点，而清军则以子母炮等进行反击，经过一整天的激战，双方的胜负难分。这时，费扬古发现加尔丹军后阵一直没有动静，得出结论，是家属和牲畜等，于是又派了一支精骑兵去攻击。这一举动使噶尔丹军营大乱，清军立即趁机四面出击，杀敌3000多人，俘获无数人畜，噶尔丹爱妻阿奴也被杀。嘎尔丹看到大势已去，便自率数骑逃跑。康熙皇帝的亲征取得了辉煌的胜利。5月18日，得昭莫多的好消息传来，康熙皇帝决定班主任返回朝廷，命令他驻扎在喀尔喀，招募加尔丹及其残部。
揭秘:昭莫多战役始末