张居是明朝最强大、最具影响力的内阁首辅。他协助十岁的小皇帝实施改革，治理衰落和混乱的明朝，使国家富裕和人民安全。他是小皇帝不可或缺的支持者，也是“起起落落”的“救时总理”。他的杰出成就可以与商鞅和王安石并立，被称为中国封建社会早期、中后期最著名的三大改革家。
然而，是什么原因使神宗翻手为云，覆手为雨，对死去不久的张居正如此毒手？
根据历史学家的分析，主要原因是。
第一，这是君臣之间十年积怨的总结算。
在封建王朝，君权和相权是一对矛盾。君权太弱，需要强大的相权来支撑；过于强大的相权会削弱皇室，遭到皇帝的憎恨。
当张居正开始协助神宗时，小皇帝只有十岁。为了稳定政权，神宗的母子都依赖张居正，尊重和服从。然而，元辅对小皇帝的控制太严格，干涉太多。在他年轻的心中，他已经开始从亲密、尊重转向恐惧和厌恶。张先生太自信了，没有注意到这一点。
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张居正以严师对待学生的态度对待小皇帝，每天布置作业。如果小皇帝不仔细背诵或理解，他将受到严厉的谴责。有一次，小万读了《论语乡》》把“色勃如也”读成“色背如也”。张居正在大臣面前大喊大叫，吓得小皇帝赶紧低头纠正。平时，如果小皇帝背着张居正做越制出轨的事，冯宝会吓唬他：“让张先生知道，看你怎么办？小皇帝听了，很快就会收敛自己。
然而，小皇帝逐渐长大，成年，开始理解皇帝的权威和分量。张居正仍然控制着政府，威望和祝福，甚至谈论了他的宫廷生活，这使得神宗对张居正的态度迅速逆转了仇恨的方向。
权力之高震主是大臣的禁忌；张先生自鸣自得，不知不觉。你知道，他的权力是神宗的皇权；张居正的高度？显赫反映了神宗的卑微和淫秽；大臣们对张居正的赞扬是对皇帝的蔑视。这是可以忍受的。谁不能忍受？成长起来的神宗必须扳倒张居正，夺回皇权，消除过去十年的愤怒。即使张居正没有死，君权和相权之间的斗争也会在短时间内爆发。
在封建社会，权力的平衡总是倾向于君权。因此，张居正的毁灭和清算是不可避免的。
第二，这是一个走出张居正阴影，展示帝王雄伟的大决定。
张居正死了，离开了，埋葬了；神宗皇帝可以独断，展示皇帝的力量。这就是神宗皇帝充分展示他的慷慨，送张居正回山的根本原因。
但是神宗皇帝呢？出乎意料的是，张居正虽然走了，却是阴魂不散，自己依然生活在他的阴影中。每次有诏令，大臣们都会观望和比较。如果张先生在那里，他将如何做出决定；每当有行动时，神宗皇帝都会权衡自己。如果张先生在那里，他将如何判断。张先生的阴影依然高高地悬在朝堂上，俯视神宗，使他自卑、自疑、猥琐、尴尬。他的自尊和虚荣心受到了极大的创伤。与此同时，他的叛逆和仇恨也开始极度膨胀。他愤慨激昂，火中燃烧，自己也做不到，就像火山下咆哮的岩浆，他必须冲破压顶的岩石，吐出胸中的块，然后快点。
起初，他以温和的手段放弃了自己的“大伙伴”，他感受到了一种无拘无束的轻松，一个人的快乐，以及隐藏在心灵深处的邪恶复仇的快乐。这让他感到惊讶、震惊、灵感和诱惑。于是，他决心粉碎站在寺庙上的偶像，拆除压抑在他心中的障碍，扫除笼罩在他头上的阴影。这是一个大决策，大决战！战斗必然会成功，只有这样他才能真正成为屹立在万民之上，天马行空，受到万民仰望的皇帝！哈，痛快!
有了这样的想法，张先生的形象能不被撕裂或践踏吗？
第三，神宗的贪财利益，也促进了清算过程。
《明史纪事本末》讲述了明神宗查抄张居正荆州老宅之前与皇后的对话。
今年，神宗的同母弟鹿王已经十六岁了。该结婚了。还有一半以上的银子可以举行婚礼。慈圣皇后一想到这件事就感到难过。神宗听了，不在乎地说：“别担心。我有办法！现在朝鲜的这些官员非常无耻。他们必须看到冯公公和张太师权大，并把大量的金钱和珠宝作为礼物存放在这两家公司。”
太后听了，心里有些把握，跃跃欲试地说：“假使查抄他们的家，这些钱都拿到了吗？”
“这个冯保诡计多端，那些钱恐怕都悄悄转移了。”
就在这时，云南道御史羊可以立上了“已故大学士张居正隐占废辽府第田，乞求严格调查”的疏奏。已废辽王次妃王氏也称辽王府为“金宝万计，入居正府”。据说这是有根据的。再加上冯宝抄的家，收入巨大。贪财好利的皇帝能不动心吗？到目前为止，张居正家族的厄运是不可避免的。
@ 张居正一人独大，后继无人，也是他败亡如此迅速、如此彻底的原因之一。他刚任自用，偏信偏听，喜欢阿谀奉承的人，打击直言不讳的人。当万历皇帝决心向他清算时，大家一呼百诺，奋勇争先。没有人敢为他说话，为他伸出委屈。相反，那些被他提拔、被他重用的新政人物，却成了反张居正的先锋。张居正的改革，也因此寿终正睡。
讽刺的是，当初骂张居正是禽兽，被廷杖致残的邹元标，竟然拖着瘸腿，为张居正的昭雪奔跑呼号，试图召回失去的新政。
然而，无奈之花落下，这座经历了200年风雨的古帝国大厦，终于在60年后，被历史的巨浪冲击得土崩瓦解！
张居正死后被清算之谜：因为他早年对万历的阴影？