万历即位后，对明朝历史上最大的集体冤案进行了平反，下令为“靖难”中忠于建文帝的诸臣建庙祭祀，如徐达的长子徐惠祖、被杀十族的方孝茹、卓敬、卢伟等，并对其后裔给予养老。
明朝，总是不断制造不公正的案件，然后平反，然后制造不公正的案件，然后平反循环。一般来说，不公正案件的平反周期并不长。有些制造不公正案件的皇帝自己“无论如何”，有些是在第一个皇帝死后，新皇帝登基后，他们立即用平反来清理人们的心，大约几十年。建文朝的忠诚被杀是在15世纪初。到16世纪末，将近200年，时间有点太长了。
为什么要花这么长时间来平反他们？
众所周知，明朝的皇帝制度在明成祖朱棣身上转弯，发生了变化。皇帝的地位从长房建文帝转移到了第四房燕王朱棣。朱棣不起兵，“靖难”夺取了国家和山脉。他的后裔不可能成为皇帝。万历充其量只是一个全天饱餐一顿的藩王——一旦明朝的历史被改写，很难说万历皇帝是否存在。当然，万历皇帝应该感谢他的祖先起兵篡夺王位。
朱迪当年以“靖难”为“靖难”、以“清君侧”等名义造反，攻占南京城，建文帝化装成和尚远逃，朱棣谎称建文自焚致死，便坐在皇位上。他这样做是为了宣传自己不是篡位，而是合理合法地继承王位。这显然是在玩骗人的把戏。如果他不想篡位，建文的儿子当时还在。他为什么不做周公，他辅助成为国王？把儿子囚禁了半个多世纪。无论朱棣如何解释，他也违反了明朝最重要的政治程序——皇位的继承制度。用现在的话说，这是一种严重的违宪行为。刘伯温的儿子刘被朱棣抓获后，仍称朱棣为殿下而非陛下，并说：“殿下百世难逃篡字。”
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因此，对于成祖朱迪来说，非法继承皇位是他一生中最大的伤疤。谁揭开这个伤疤会得到最残酷的报复，这也可以解释他为什么要杀死十个家庭如此残忍。明末清初，张怡在《玉光剑气集》中说:“文帝(朱迪死后被称为“成祖文皇帝”)不遗余力地杀死忠诚，虽然他从来没有对待过帝国，但也没有这样的人。当时建文朝忠臣被杀后，儿孙被杀或充军，妻女被送到教坊司(主管特殊行业的机构)当妓女。例如，张怡说，茅大芳的妻子在教坊司被侮辱致死后，朱棣御笔指示：“把金衣卫分给上元县，抬到门外，和狗一起吃饭。“黄子澄的四个女亲戚被二十多个男人轮奸，怀孕了。他们生了一个男孩，让他们成为妓院的小龟奴。他们生了一个女孩。朱迪亲自批评:“从他不能长大，这是一种淫秽的材料。“-这不是文皇帝的作派，而是李皇帝和杨皇帝的作派。
正如张怡所说，朱棣对这些忠臣比对敌大奸大恶更恶毒，这并非没有理由。与敌国战争，俘虏敌国君臣，这是大多数人都能接受甚至称赞的壮举，当然也能对俘虏慷慨表示仁义。王朝的变化也很容易解释。就像朱元璋推翻元朝一样，可以说他是命运的归来，元政是混乱的。元朝统治者贪婪残忍是事实。起义兵解决了所有人的倒挂，这是为了天堂。没有必要对俘虏如此凶猛。而自己做家务，叔叔篡侄子的位置，不能说命运已经转移，也不能说为天行道。只能说侄子被奸臣蛊惑，左右做傻事，起兵是为了保卫祖先留下的国家。
然后，为了证明“叛乱是合理的”，我们不应该篡夺王位。我们应该把罪行推给建文帝的朝臣。这是他们离开皇室的骨肉，是他们的八卦。因此，我们必须严厉镇压他们。
朱棣的篡位和对建文朝忠臣的残害，是他后代最大的历史负担。他的儿子、孙子和曾孙即位，不能也不敢怀疑祖先对这一重大历史问题的定性。否则，这意味着他屁股下的龙椅来历不正。简言之，叛乱是合理的。虽然包括皇帝在内心都知道，被成祖残酷迫害的建文老臣都是忠义之士。大明朝最受尊敬的道德礼法，一群道德上最受尊敬的士人，他们的冤屈却没有人敢为他们怨恨。——这不是一个简单的刑事案件，也不是一个普通的政治案件，而是一个直接动摇皇权合法性来源的根本事件，没有人敢轻易决定，包括皇帝。
然而，随着时间的推移，血迹总是被稀释，当时朱迪当皇帝的合法性也被稀释。因此，朝廷对建文君臣的看法悄然发生了变化。首先，英宗复辟后，他想到了被弟弟景帝囚禁的滋味，并释放了建文帝的儿子建普人。由于长期与世隔绝，龙子凤孙分不清猪牛。但这只是人道主义关怀，必须小心避免“靖难”的政治定性，不能涉及。然而，有一个尴尬的现实是，方孝茹的人仍然如此不公正，似乎向整天喊忠孝的文臣们展示了一个简单的道理：向胜利者鞠躬，不要对失败者愚蠢，只要成功就有自然的合法性。——对朱棣以后的每一位皇帝来说，解不开就有后遗症。比如武宗正德皇帝荒唐异常，不把祖先当回事。雄心勃勃的宁王朱晨濠在南昌造反，原因和当年朱棣一样。若王阳明没有及时消灭，宁王真的坐在江山上，谁敢说他篡位了？
到了万历帝，朱迪篡位已经近200年了。皇帝的龙椅是被骗、抢劫还是合法继承并不重要。时间使非法变得合法。这有点像一个人占有不属于自己的财产，没有人长期提出异议。最后，相关民事法律承认了他对财产的所有权。帝国已进入暮年，当政者最大的希望就是利益格局稳定下来，不被打破。此时，我们必须大力提倡方孝茹对建文帝的忠诚，也需要反复强调被祖先朱迪破坏的程序法。也就是说，当年自己的祖先造反是有道理的，现在造反是有罪的。这样，建文朝忠臣平反修纪念碑，不仅是一种政治需要，也是一种成熟的时机，不会对政局产生负面影响。
万历帝本人对建文帝很感兴趣，登基后多次问张居正建文帝是否真的去当和尚。并要求张居正将一首传为建文所写的七律抄录进呈。诗中说：“沦落江湖几十秋，归来白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。“万历和建文性格有些相似，优柔寡断，文才出众，这也是建文忠臣平反的原因之一，但不是主要原因，主要原因是政治需要。恢复朱迪削减的建文年号是惠宗，也就是说，恢复历史的本来面目，承认建文是合法的皇帝，彻底了解这一历史公案，推迟到崇祯年间，离明朝去世几年。
张怡评论朱棣对建文忠臣家属的评论 “悲惨的世界”，“见烈皇帝(崇祯)殉国，死事少，不是无缘无故的。”当年祖先这样对待方，现在已经到了山穷水尽的地步，但希望臣子们都能向方学习。世界上没有这样的好事。
明朝历史解密:万历帝为什么要平反建文朝忠臣？