山东人民对外国侵略者极为反感，因为德国在山东的侵略行为。巨野教案早在1897年就发生了，因此山东巡抚李秉衡被贬职。此后，山东民教矛盾不断增加。1897年，山东冠县飞地梨园屯(今邢台市威县)村民与教堂因历史土地纠纷发生冲突。应村民阎书勤的邀请，威县梅花拳师赵三多前往协助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。1898年6月，山东巡抚张汝梅上演朝廷，认为义和拳本属乡团，建议“改拳勇为民团”。并明确说义和拳是“义和团”，在清官中首次提出了“义和团”的概念。同年10月，赵三多等人在冠县飞地蒋家庄(今邢台市威县)竖起“扶清灭洋”旗帜，被清军镇压失败。
第二年（1899年），山东省平原县知县江楷镇压义和团。当地义和拳击首领李长水要求义和拳击首领朱红灯支持平原、高唐等地。朱红灯在李庄整齐的队伍中正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”的旗帜。10月11日，江楷率领数十名勇敢的人前来镇压，被义和拳击打败。这一事件后来被称为“平原起义”。
后来清廷加派袁世敦等人来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。随后，清军游击马金叙活捉义、拳头首领朱红灯、真诚和尚等人。当时山东巡抚是玉贤，他憎恨外国侵略者，同情人民反基督教。他罢免了蒋楷、袁世敦等。，并采取了对义与拳并举的措施，以抚为主。有人说玉贤改拳为团，把民教矛盾的责任归咎于朝廷。其态度受到外国敌视，玉贤在列强交涉下被解职。但玉贤对义拳也进行了镇压，在离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团领导杀害。1899年12月，袁世凯代替玉贤代理山东巡抚。
1899年，袁世凯在济南任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，严格限制义和团在任山东巡抚后的活动，从1900年6月开始血腥镇压义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始转移到直隶等地。清政府严禁义和团，先后派出多批军队镇压。1900年5月12日，来水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。5月22日，数千义和团在石亭设伏杀死杨福同，被称为“来水大捷”。清廷对这次杀官事件感到震惊。随后，1900年5月27日，直隶中部芦宝铁路沿线约3万义和团占领涿州市。知州龚阴培无能为力，于是绝食等死。这是义和团占领和控制的第一个州城。此后，清政府派聂士成等人参与镇压，多次与义和团作战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“杀不胜朱”的局面。
义和团的运动过程：义和团与帝国联盟之间的恩怨