自八旗制度诞生以来，它本身就隐藏着致命的缺点，这些缺点几乎是不可克服的。随着社会的发展，它们逐渐出现，直到它们最终崩溃。
弊病一
八旗制度的军事效能仅以游猎民族的风俗习惯为基础，地方性强，而外部军事适应性极差。
毕竟，八旗制度产生于一个简单的自然经济阶段，其战斗力必须依靠满洲人的狩猎和武术习俗。清朝成立之初，满族刚刚走出了长期的混战和狩猎生产模式。当时，对于白山黑水间的北方民族来说，弩战刀是个人谋生工具，骑射战是他们平凡的生活方式。强壮的身体和凶猛的民族性格在日常生活中逐渐形成，成年男性往往是天生的职业士兵。八旗制度只需要以非常简单的方式有效地组织和调度，就可以创造军事奇迹。从这个角度来看，八旗制度本身的建设实际上是非常简单和原始的。它缺乏更高层次的社会经济支持，无法适应高层次的社会经济环境。
清朝入关后，驻防关内的八旗军面临着纯粹的农业社会和繁荣的市场生活，逐渐疏远了游猎驯牧的生产。因此，旗手失去了平凡的维护训练生活模式，在平淡的农业田园和各种城市嘈杂的环境中长大的年轻旗手从小就不能接受艰苦的环境训练，而简单的八旗军事组织不合理地长期维持有效的军事训练，随着时间的推移，八旗儿童的军事素质急剧下降。清中期以后，关内八旗军的训练被废除，尤其是生活在城市的旗人，因为没有分配田地耕种，在旗内工作有限制，导致大量八旗子女整天闲着无所事事。于是他们用养鸟逛街，唱歌听戏打发时间。朝廷发放的月薪经常被用来赌博，有些人甚至在到达家庭工资之前就把所有的钱都花光了。
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后来更有甚者甚至进出烟馆吸鸦片，不仅个人身心残废，家庭也因此破产无法生存。乾隆皇帝第四次在南通检阅当地驻防八旗训练。结果是“射箭虚发，骑马人落地”。皇帝主持的审查还是一样的，不难猜测一般军备有多松懈。到了晚清，关内的八旗军队已经完全丧失了战斗力。鸦片战争期间，清廷派出的前线部队在遇到英国军队之前一直处于混乱状态，以至于他们找不到士兵和将军。定海第一次世界大战由各省抽调的3万‘八旗强队’一触即溃，战死者不到1000人，逃跑者超过1万人。在光绪年间，当阿古伯叛乱平息时，由于西北省的旗兵“无法战斗”，清政府不得不从满洲留守的八旗中转移战斗力部队到新疆前线。正是因为八旗制度本身并不是一个基于高阶段经济模式的制度，其军事制度缺乏适应现代社会环境的能力，因此无法保持军队的可持续建设。八旗子弟长期脱离艰苦环境后，军事素质和精神斗志被消磨，战斗力无法恢复，逐渐成为老兵和公子兵，八旗制度成为战场上的花架。
弊病二
八旗制度本身缺乏长期维持军事财政的功能，经济支出不能有效地用于军事建设，军队失去了财政基础。
入关前，八旗制度实行兵民一体有机结合，前提是必须有旗人从事经济生产的土地。东北地区是满族故地，这里的土地分配各旗的“旗产”没有争议。旗产品通常由旗人种植和支付产品，然后由八旗组织分配支持军队。清朝八旗部队入关初期只有10多万，生产一定数量的农副产品，然后用于不大的军队，自给自足。当时，清政府有能力进行这种财务运作。旗人有稳定的经济来源养家，即分担相应的军事任务，无后顾之忧。但八旗部队入关后，关内土地原本属于汉族小农，远离满洲故乡的八旗军失去了供养来源。起初，清政府通过占领土地来确保军队的供应，但很快就引起了汉族农民对社会矛盾的尖锐不满。无奈之下，清政府不得不撤销对关内土地的占领，以直接由朝廷财政支持的方式维持，严重增加了中央政府的军费负担。驻军旗手占八旗人口的一半以上，绝大多数没有土地，清政府规定所有旗手不得做生意，不得做手工业，不得私人土地，不得出售劳动力，不得工作，这些规定严重限制了旗手谋生的方式，使他们几乎完全依靠朝廷的救济。
清朝的军备制度是复合的。除了一般武器：枪支、枪支、军刀、火药、旗帜和口粮由朝廷分发外，马匹、军装、盔甲、箭支、子弹等其他军备完全由旗帜人民准备。清中期以后，随着人口的增长，八旗军队增加到30多万。此外，还有大量闲置的旗手。此时，清政府的财政资源日益枯竭，导致军费入不弥出。旗人唯一的生活来源必须来自军费。当时清政府发工资短缺，日常训练无法保证加强八旗军备。旗手自身的贫困也使他们无法购买军事必需品，军队的装备不但没有进步，反而不如以前。清朝中期以后，这种现象越来越严重。想象一下，一支连武器都装不起的军队怎么能战斗。
清末，清政府财政常年亏空，军队上层严重腐败腐败，军薪成风。此外，西方列强多次勒索清政府的巨额战争，八旗部队的军事财政彻底枯竭。据清咸丰11年(1861年)兵部档案统计，当年全国20个省首府的八旗部队欠发了工资，其中山东省首府拖欠的八旗部队有16200多两银，米30500多石。
，这个数字是当时山东省府所有旗手三年静收入的总和，并不是拖欠最严重的。清同治初年，北京香山驻防八旗2000多户居然分文六年。不允许从事营生、长期拖欠工资，这使得清末绝大多数旗人局限于贫困，有的甚至在生死线上挣扎。清光绪年间，北京周边万平通州等地驻防旗营萧条，十室无六七。大量旗手饿死或逃跑。留在城里的只能靠典当家产信用生活。这样，在西方列强频繁入侵的时代，连饭都吃不饱的部队要承担作战卫土的任务，结果必然是一败涂地。
解密：清朝八旗军事制度的自然缺点是什么？