初次亲征
康熙29年5月(1690年)，噶尔丹以追击喀尔喀为借口，率兵3万(12万)从库楞湖(今呼伦湖)沿大兴安岭西麓南下，兵锋指向北京。清廷命理藩院尚书阿喇尼率兵作战，在乌尔会河(即乌拉桂河，今内蒙古乌兰浩特西)失利。准噶尔军乘势南进乌珠穆沁(今属内蒙古)地区。7月初，清廷发兵10万，采取分进合击的策略。命运全部由古北口(今北京密云东北)抚远大将军率左路，常宁安北大将军率右路、喜峰口(今河北宽城西南)出击，使盛京(今沈阳)再次出击、吉林将军出兵西进，配合主力作战。
康熙帝玄烨亲自率领驻博洛和屯(今内蒙古正蓝旗南)督军。常宁部进入乌珠穆沁，清军粮食供养不足，情况恶劣，与准噶尔军相遇，南退失败。随着长驱的追击，准噶尔军渡过沙拉木伦河，逐渐接近福全部。7月19日，康熙皇帝命令右路军会同左路，将准噶尔军挡在高凉河(沙拉木伦河上游支流)北侧，让康亲王爱新觉罗·杰书归化(今呼和浩特)，切断归路。7月29日，福全发现准噶尔军屯在乌兰布通，全军前往。准噶尔军营位于山坡上。因为东西两翼没有屏蔽，噶尔丹命令1000多头骆驼绑在地上，背上加一个笼子，蒙上湿毡，形成驼城，士兵们依靠箱垛发射弓矢和火器进行阻击。清军及时调整部署，以火器兵为前列，步兵后面，骑兵为两翼。8月初一，清军集中火炮轰击，从下午到晚上，打破了准噶尔军驼城，然后步兵正面冲杀，骑兵从左到右迂回攻击，杀死了许多准噶尔士兵。噶尔丹见势不利，于是缓兵计，遣使向清军乞讨，乘夜率部渡沙拉木伦河北撤退，沿途焚烧杂草，追赶滞后的清军。福全中计，导致噶尔丹逃逸。
康熙29年(1690年)10月初，福全所派侍郎等人给加尔丹发信。他估计加尔丹已经出去逃跑了，当时军中粮草不足，只能维持几天。有鉴于此，他自作主张，下令回师。部队归康熙帝军，康熙帝对福全不请示就撤回非常不满，决定先回京再议罪。康熙帝先回京，福全等留。福全还向康熙帝提交了侦察噶尔丹行踪的情报，叛敌确实出局了，并一一承认了自己的罪行。康熙帝立即命福全还师京城。
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再征破敌
在乌兰布通战役中战败后，准噶尔军退出科布多(今蒙古西部)，招募老部，求助沙俄，图谋再举。康熙再次采取以下措施：调整部署，加强边境准备；参观漠北部，稳定喀尔喀蒙古上层，将喀尔喀蒙古分为左、中、右三条路，设立驿站和火器营，沟通内地与漠北地区的联系，专门训练枪支的使用。康熙三十三年(1693年)，清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹无法抗命，反而派兵入侵喀尔喀，康熙决定引诱他南下一战歼灭。为了使战斗顺利进行，清军在战前做好了充分的准备：调动军队和马匹，调动大量熟悉蒙古人的指导，携带5个月的口粮，按照每个士兵配备四匹民夫马的标准，组成一个庞大的运输队，配备6000辆运输粮食和设备；准备大量的防寒防雨设备，准备大量的木材和树枝，在穿越沙漠和沼泽时铺平道路。
康熙34年9月(1695年)，噶尔丹率领骑兵3万人，东掠位于克鲁伦河流域的喀尔喀蒙古车臣汗部，然后沿河向下驻扎在巴颜乌兰(今乌兰巴托东南)以东，威胁借俄罗斯鸟枪兵6万人攻打漠南。康熙35年(1696年)2月，清廷发兵约10万人，分为三条路:东路由黑龙江将军萨布素率兵9000人越兴安岭西进；抚远将军费扬古、振武将军孙思克率兵4.6万人由归化(今呼和浩特)、在翁金河(今蒙古德勒格尔杭盖西)会师的宁夏(今银川)，后北上；康熙帝玄烨亲自率领中路军3.4万出独石口(今河北赤城北)。三路大军约在克鲁伦河地区歼灭准噶尔军。
康熙三十五年五月初(1696年)，中路军先抵达鲁伦河，接近准噶尔军。噶尔丹望着清军势众，然后弃去了庐帐和器械，晚上撤退了。
康熙皇帝命马思喀为平北大将军，坐在巴颜乌兰；命令费扬古西路军拦截准噶尔军退路，设伏袭击；命令大臣纳兰明珠为济西师尽运中路军的粮食。向拖诺山(巴颜乌兰东)旋转前锋三天，然后返回。当准噶尔军队退到特勒尔济(今乌兰巴托东南)时，只剩下一万多人。5月13日，清军西路进入昭莫多，距特勒尔济30里扎营。费扬古以易待劳，将东阵兵陈玉山，沿土拉河布防西，骑兵主力隐藏在树林中，以孙思克率领绿营兵居中，旋派400精骑到准噶尔军营挑战，诱其入伏。加尔丹果然将万余骑全部进攻，追到昭莫多，即向清军阵地猛扑。清军居高临下，依险俯击，弩迭发，藤牌兵继之，每进都以拒马木列前自固。准噶尔军队在初战中受挫，是下马力攻，冒矢枪猛战，伤亡众多，仍不退兵。费扬古见后阵不动，知为妇女和驼畜所在，即使一部迂回横冲，一部袭后阵，准噶尔军顿时大乱。守山顶的清军乘势攻击，上下夹攻，杀死3000多人，俘获数百人。
加尔丹的妻子阿努可敦等被杀。@ 加尔丹只带了几十名骑兵逃跑。
三征决胜
经过两次战争，卡尔丹集团崩溃，康熙皇帝要求卡尔丹投降，但卡尔丹顽固地抵抗。一年后，康熙皇帝带领军队穿越黄河进行亲征，即康熙36年（1697年）。此时，卡尔丹的原始基地伊犁已被他的侄子阿拉布坦占领；他的亲信听说清军来了，也投降了，愿意成为清军的向导。卡尔丹绝望了，服毒自杀了。
准噶尔部的叛乱是如何平息的？