王子已经成立，国家之争已经结束，但事实并非如此。朱常洛的待遇在成立后没有得到改善，他的地位也没有得到改善。情况仍然很危险。万历三十一年的“妖书”就是一个很好的证明。“妖书”的大意是，神宗立朱常洛只是东宫的最后手段，将来一定会改立常迅。
早在万历二十六年，类似的“妖书”就出现了，名为《忧危红议》。这本书以朱东吉为借口，揭露了郑的夺权之念。然而，由于神宗的压制，此案并没有掀起波澜。太子登立后，“妖书”再次出现提醒廷臣，太子的位置依然不稳定。而且，“妖书”的出现并非空穴来风，它与福王朱常迅之国的问题密切相关。为什么这么说？根据明朝的定制，福王成年后应该去他的封地，这就是所谓的“国家”。然而，郑并没有完全放弃存储。他仍然把福王留在首都，不让他成为附庸。神宗也故意一次又一次地拖延，这实际上发出了一个信号，即尽管王子已经建立起来，但它可能随时被福王取代。于是廷臣争相奏请福王之国。在这方面，神宗没有成为福王大厦的借口；40年冬天，福王大厦建成，第一辅叶向高奏请福王之国。神宗传说福王将在明春之国；第二年春天，没有福王之国的迹象，所以兵部的尚书王象乾又演奏了福王之国。对此，神宗说，亲王之国的时间是春天，现在快过去了。明年再去。
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大臣们早就洞察到了神宗的推延政策，并不断上疏力争。不久，神宗又传旨说，要想让福王之国，就必须为他准备4万顷庄田。对于这种苛刻的条件，首辅叶向高说不可能，但神宗仍然坚持四万倾，不让步，想继续拖延时间。后来，他想以太后祝寿为借口拖延国家日期，但这次讨论是叶向高封还款，他自己也以辞退为借口。后来，在李太后的帮助下，福王终于在42年3月成为藩属。到目前为止，国本之争已经持续了近30年，终于结束了。
在国争中，神宗实际上倾向于立宠妃郑氏之子为王子，这种意图更为明显。很难说朱常洛最终能否成为王子，而不是大臣们一个接一个地疏请和努力。如果说明朝的大臣只听皇权的话，为什么他们敢如此勇敢地劝诫甚至顶撞君主？如果皇权是至高无上的，为什么朱常迅没有如愿以偿地被封为王子呢？说明清朝远非人们所想的那样，皇帝的意志统治着一切，一切都是专制的。如果皇帝的行为不符合礼仪、法律和规则（例如，在国家争端中，皇帝的行为不符合中国传统社会的原则），官员们也会反对，以便在压力下放弃他们的不合理行为。
此外，中国传统政治文化中有约束皇权的力量，但这种约束不是来自制度上的强硬规定，而是来自官员对政治合法性的理性坚持，以建议、斗争甚至请辞的方式表达出来。当然，我们不应该过于重视这种约束，毕竟，这种约束并不能总是限制君主权力的越轨行为。
国争结束：朱常洛最终稳定了王子的地位