天启年间，东林党的命运因为支持西宗即位而转机。当时的首辅刘一景、叶向高、官部尚书赵南兴、礼部尚书孙慎行、兵部尚书熊廷碧都是东林党人或东林党的支持者。可以说，明朝的军事、政治、文化、监督和人事权力都是东林党人掌握的，他们已经从野外的清流变成了主持政治的主力军。众正盈朝”。可以合理地说，这是他们治理国政的最佳时机。可以合理地说，这是他们治理国家政府的最佳时机。然而，此时，由于朝政争论，东林党人和阉割党集团之间的相互攻击达到了不可调和的地步。
阉党是以魏忠贤为核心人物的宦官集团。西宗不喜欢管理政府，只喜欢木工，经常沉迷于此，不觉得无聊。魏忠贤总是等着西宗做木工，故意拿出很多章子让西宗批评，西宗总是不耐烦地让魏忠贤处理，很长一段时间，大大小小的事务要求魏忠贤，魏忠贤也掌管了政府的权力，被东林党排斥，楚、浙江党形成了强大的力量。魏忠贤排斥异己，收罗爪牙，建立了遍布全国的特务网络。越来越多的人在朝中巴结魏忠贤，魏忠贤被称为“九千岁”。
阉党的行为引起了正直官员的痛恨。杨涟在书中陈述了魏忠贤的二十四项罪行，但却被罢官，从此，魏忠贤对东林党人恨之入骨。天启五年(1625年)，魏忠贤对东林党采取了残酷的镇压行动。他利用熊廷璧事件，诬告东林党的左光斗、杨涟、周起元、周顺昌、缪昌期等人有贪赃之罪，大肆搜查东林党人。许多著名的东林党人在监狱里被冤死。天启六年，魏忠贤杀害了7人，包括高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素和李应升。东林学院限期拆除，讲座暂停。
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曾经掌握政权的东林党，短短四年就被宦官魏忠贤驱逐杀害，全部被摧毁，主要是因为他们在掌握政权时错过了机会。作为当权的群体力量，他们没有迅速提出一套有效的治国方案，对阉割党失去警惕，提出了“笼络阉割”的错误政策，姑息养奸，试图劝魏忠贤不要干政，这显然是无用的。面对日益强大的阉割党，他们不需要武力来支持阉割党。阉割党一步步逼迫，他们一味平静下来，妥协让步，很快就失去了在朝鲜的优势地位，很容易被阉割党消灭。
崇祯皇帝朱由检即位后，对魏忠贤领导的阉割党集团进行了处罚。同时，昭雪平反东林党人冤案，下令修复东林书院。虽然东林党人再次入阁，但很快，在袁崇焕被捕后，东林党人被迫退出内阁。
从表面上看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，确保了当权者的权力和地位，这是统治者的胜利。然而，对于王朝来说，与其说是凯歌，不如说是挽歌。他们毫不犹豫地用自己的信念和道德支持王朝，拯救世界，最终被他们信任和忠诚的统治者屠杀。封建王朝是通过屠杀忠臣来维持暂时的所谓“稳定”，这个王朝的末日即将到来。万历皇帝(包括之前和之后的一些皇帝)利用宦官掌握政权，打击奉法的士大夫。一些有识之士即使忧国忧民，也束手无策。明朝皇帝可以说是自毁长城。
然而，历史是公平的，东林党人并没有因为当权人的打击而被历史所掩盖。虽然东林党本身有很多局限性，不完美，甚至有很多缺陷，但自现代以来，东林学院一直受到广大人民的喜爱，在各种官方和民间力量的支持下多次修复，成为爱国人民，特别是爱国知识分子的崇拜。当人们看到顾宪成写的对联时，他们会想到东林学者倡导的关心国事、廉洁奉公、关心民生的优秀学风，以及抗击权贵、创新时弊的不屈斗争精神。
东林党的灭亡：为什么东林党很容易被阉割党击败？