整顿吏治
张居正改革始于万历初年，首先是从整顿官治开始的。他认为，当时朝野政治腐败、民不聊生的主要原因是“官治不清”。张居正在万历元年(1573)实施“考成法”，以整顿官治，使人民生活稳定，使封建政权长治久安。其主要内容是加强内阁的行政和监督责任，提高官员、户籍、礼仪、兵、刑、工六科的监督职能。六个部门是由官员、家庭、礼物、士兵、刑事和工人六个部门设立的监督机构。张居正以六个部门督促六个部门，以六个部门督促各部门和地方抚养和按压。最后，内阁直接控制六个部门，掌握各级官员的监督权力。考成法还对六部、都察院等具体行政衙门实行随时考核、事事责成的检查制度。
这种严格而完整的考试制度，将宦官指挥六个科目和审计章节的奏权移交给内阁，在一定程度上降低了宦官干预政治的可能性，大大提高了内阁的权威性，使权力集中在第一和第二，从而加强了命令世界的中央集权。考试方法提高了工作效率，减少了各部门的相互推诿和争吵，为精简机构、节约政府开支提供了可能。后来，为了提高官员的素质和行政效率，张居正下令裁减各省司、府、州、县的冗长官员。这些都为张居正此后实施的各项改革奠定了基础。张居正通过整顿官治和精简机构，获得了一支高效、得心应手的行政队伍，为推进经济改革做好了思想和组织准备。
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在整顿官治的过程中，张居正讨厌嘉靖、隆庆时期贿赂腐败的社会状况。因此，在担任首席辅助官后，他果断采取措施整顿腐败，决心扭转政治习惯，给予必要、奖励有功、惩罚有罪，重振过去的辉煌。
实施考成法
1573年11月(万历元年)，张居正上疏实行“考成法”，明确职责。他用六科控制六科，然后用内阁控制六科。要做的事，从内阁到六科，从六科到衙门，层层考试，做到心中有数。改变了以往“上之督之人灌输，而下之督之人永远鄙视”的拖拉现象。考试方法的实施提高了各级部门的效率，责任明确，奖惩明确，使朝廷发布的政令“尽管数千英里外，日夜追求”。张居正整顿官治的主要目的是“富国强兵”，这条红线贯穿于他的改革之中，实施考成法的最大收获也在于此。
机构改革
王国光还改革了一系列不合时宜的旧制度和秩序。
当时，从州县到部门，无论是各部门还是具体承办人，最后通牒等公文都非常复杂和冗杂。他大胆地切断和合并，删除了近一半的文字，使事情方便易行；由于公共部门狭窄，官员不来上班，导致缺点越来越严重，改变了以前的缺点，使所有官员进入办公室，履行自己的职责，大大提高了工作效率；边境工资稀缺，支出和收入可以检查，他要求当地边境部长核实收支，并计划报告长期计划，大幅减少消费和浪费。
万历中兴的历史背景：张居正进行了大刀阔斧的改革