为防御蒙古鞑靼入侵边关，张居正派戚继光守蓟门，李成梁镇辽东，东起山海关，西至居庸关长城，修建了3000多座“敌台”。
他还与鞑靼人达汗进行了茶马贸易，并采取了和平政策。从那时起，北方的边防得到了更加巩固。在过去的二三十年里，明朝和鞑靼人之间没有发生过大的战争，使北方暂时免于战争破坏，农业生产得到了发展。万历七年（1579年），张居正以达汗为中介，代表明朝与西藏黄教领袖达赖三世（索南错）建立了良好的关系。
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在广东，任殷正茂、凌云翼先后为广东两大军备提督，先后带兵摧毁了广东惠州府的蓝一清、赖元爵、林道乾、林凤、诸良宝、琼州府的李茂等叛乱分子。这对稳定各地人民的生活和保障生产正常发挥了积极作用。张居正还在东南沿海地区分段设寨，修整兵船，严申海禁。万历初年，他当政，基本消除了多年来困扰明廷的“南日北俘”边患。
张居正改革的军事措施:任命戚继光守边平乱