1402年6月，朱棣率领“靖难”大军进入南京，建文帝下落不明，不久朱棣正式登基称帝，改年号为永乐。燕王朱迪是通过靖难起事夺取王位的，以武力非法夺取建文帝政权，社会上有很多谣言。为此，朱棣任命亲信纪纲统领锦衣卫，加强对社会舆论的监督。但纪纲横行霸道，肆无忌惮，逐渐脱离朱棣的控制，竟欲篡权谋反。东厂设掌印太监一员，为最高长官，全称职称为：钦差总督东厂官校办事太监，简称提督东厂，部属尊称为“督主”或“厂公”。东厂初设时，监督东厂的职务由司礼监掌印太监兼任。后来，由于事务复杂，司礼监在太监中排名第二和第三。另外东厂还有掌班、领班、司房等职位，人员不确定。
东厂的刑事官员不是太监，而是锦衣卫的千家百户。其中有一千户，一百户，也叫贴刑官。至于那些“基层办案人员”，都来自衣卫，“轻巧的人是拨充的”。主任也叫“档头”，专门负责调查，“帽子锐利，衣青素，褶皱，小挂毯，白皮靴”。档头下有几个“番子”，专门从事逮捕和折磨。
正德元年，以刘瑾为首的“八虎”专权乱政，刘瑾命人杀东厂太监王岳，命丘聚代之，又设西厂以命谷大用。他们派出调查人员，东厂的调查范围甚至扩大到全国，甚至“远州僻壤，看到鲜衣怒马作为京师语者，转相避匿”。东厂番子在京城活动，谋取私利，他们经常罗织罪，诬告良民，然后屈打成招，趁机敲诈勒索。朝廷官员也遭到迫害，“御史柴文显、汪澄以微罪至凌迟，官员军民非法死亡数千人”。此时东厂才“威名远震”。
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崇祯皇帝即位后，他立即处置了魏忠贤，但他没有废除东厂。相反，他任命“王体乾、王永佐、郑之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齐本正等。”1642年，御史杨仁上疏建议废除东厂，崇祯皇帝仍未采纳，而是为东厂辩护。1644年3月，崇祯皇帝信任的太监打开了彰义门，北京陷落，崇祯皇帝上吊自杀，明朝灭亡，成立224年的东厂也宣布灭亡。
东厂原本是皇帝为巩固皇权而建立的特务机构，但最终成为宦官专权的工具。更具讽刺意味的是，岳飞的画像挂在东厂大堂，提醒东厂办案毫无用处，大厅前竖立着一座“百世流芳”的牌坊，真是可笑。
明朝东厂背后隐藏着多少不为人知的东西？