有许多版本的《元史》，最早的是洪武刻本，洪武三年(1370)秋七月修成《元史》，十月便已“镂版”。嘉靖初年，南京国子监编刊21史，其中《元史》采用洪武旧版，损坏版补刊。一般版心有嘉靖八九十年补刊字样，是南监本。万历二十四年(1596)至三十四年(1606)，北京国子监重刻二十一史，《元史》也在其中，是北监本。
清朝乾隆四年(1739)武英殿模仿北监本重刻《元史》，为殿本。乾隆四十六年(1781年)，对辽、金、元三史的翻译进行了谬误改革，挖改了殿本的木版，重新印刷，一般称为乾隆四十六年版，是《元史》最差的版本之一。道光四年(1824)，对《元史》做了进一步的改动，重新出版，是道光本。以后还有各种翻刻重印的版本，通常是治元史者不带的。
[img]817926[/img]
1935年，商务印书馆以99卷洪武本和南监本合作出版，为百纳本。这是最接近洪武本原貌的书，用了40多年的时间来治理元史的中外学者，但也有修改的错误。1976年4月，中国图书局出版点校本校对了北京图书馆原书、北京大学图书馆14卷残洪武本等版本。它还吸收了前人对元史的调查结果，并使用了大量的原始数据来纠正相关的史文，这是目前最好的版本。
元史的版本历史：元史有多少种不同的版本？