1259年，蒙哥汗决心彻底解决南宋问题。忽必烈重获利用，负责指挥东路军，攻打鄂州。当双方激战时，四川传来消息:蒙哥汗在钓鱼城战死。面对这一突如其来的变化，忽必烈犹豫了几次，决定离开鄂州战场。在与南宋权臣贾似道和后，忽必烈率军迅速北上，开始争夺蒙古大汗宝座。
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(图)波儿只斤忽必烈(1215-1294年)，蒙古族，政治家，军事家。监国托雷第四子，元宪宗蒙兄弟。
1260 2003年3月初，在一些蒙古宗王和中原汉代官僚医生的支持下，忽必烈于开平正式登上蒙古汗宝座，首次采用汉朝——中国统一时代。忽必烈的登基标志着一个新时代的到来。
忽必烈的即位不是一帆风顺的。几乎在他即位的同时，他的哥哥阿里不哥也被戴在哈拉和林附近的蒙古汗。阿里不哥作为幼子，是拖雷夫妇遗产的合法继承人，掌握着父母留下的蒙古部众和军队。蒙古出征南宋时，阿里不哥奉命留守林林，牢牢控制着蒙古政权的政治中心。蒙哥死后，阿里不哥得到蒙哥诸子和蒙古汗廷大臣的普遍支持，出现在蒙哥的合法继承人面前。
相反，几年前，忽必烈因与蒙古兄弟的冲突而闲置，只是因为蒙古对南宋战争的紧张局势。他拒绝去漠北参加蒙古大汗选举的忽里台，在开平开了另一个炉子，偏离了蒙古当地大汗选举的政治传统，这对维持他的正统大汗形象非常不利。
面对阿里不哥的挑战，忽必烈首先赢得了另一个弟弟徐烈唐的支持。此时，徐烈唐主持了蒙古的第三次西征，前锋接近埃及。得知蒙哥去世后，他迅速撤军，在路上遇到了忽必烈的使者，并承认了他在阿姆河以西的权利。徐烈唐留在了当地，建立了伊利汗国家，承认了忽必烈的主导地位。
蒙古去世后留下的四川蒙古军将军大多倾向于支持阿里不哥。为了切断阿里不哥的右臂，忽必烈紧急派廉希宪等人到陕西，设计杀死支持阿里不哥的蒙古将军。驻扎在六盘山的蒙古军主教练浑都海被迫西撤，与阿里不哥南下接应的阿兰答儿军会合。
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(图)蒙征日本图
中统元年（1260 2000年9月，双方在甘州东删丹附近的耀碑谷发生激战，浑都海、阿兰答儿战死，川陕地区牢牢控制在忽必烈手中。
漠北地区是双方的主要战场。为了赢得这场战争，忽必烈几乎动员了他所有的精锐部队。战争非常残酷，林不仅得而复失，而且战争曾经在沙漠南部燃烧。2002年（1261年）11月，过去的第一次世界大战决定了阿里哥哥失败的命运。从那以后，阿里哥哥的情况越来越糟。四年后，他被迫向忽必烈投降。
阿里不哥的汗位之争不是我们通常理解的叛乱或叛乱。中国有句老话，“成者为王败者寇”。阿里不哥归降时，忽必烈骄傲地问他们谁对谁错。阿里不哥回答说:“我以前是对的，现在你是对的。”这也可以算是他对中国古话的蒙古解释。
忽必烈没想到的是，阿里不哥的投降，只是噩梦的开始。蒙古第二代大汗窝阔台的直孙海都一直在关注忽必烈与阿里不哥的战争。阿里不哥投降后，他接着拉起反对忽必烈的旗帜。海都是比阿里不哥更难对付的挑战者。他不仅复兴了衰落的窝阔台汗国，成功控制了察合台汗国，还将西部遥远的钦察汗国联合起来。
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到元六年(1269年)春天，成吉思汗三子-术赤、察合台、窝阔台代表在塔拉思草原举行了忽里台大会，成立了元朝与伊利汗国的联盟，共同反对成吉思汗幼子-拖雷系领导下的成吉思汗。这次会议成了蒙古帝国分裂的最后标志。从那时起，忽必烈将永远不会和平，越来越多的蒙古国王站出来挑战他。
即使在元二十四年(1287年)，忽必烈也在东北发动了巨大的叛乱，以对付西北诸王，如海都。年过古稀的忽必烈不得不亲自带领军队前往平叛。虽然乃燕很快被杀，叛乱也逐渐平息，但以海都为首的西北诸王之乱直到忽必烈去世才得到解决。
蒙古黄金家族成员对忽必烈的挑战不仅仅是为了争夺蒙古大汗的宝座，双方在意识形态上也存在着严重的分歧。塔拉思大会结束后，西北诸王派使臣入朝质疑忽必烈：“本朝旧俗与汉法异，今留汉地，建都城郭，仪文制度，尊用汉法，何必呢？蒙古宗王认为他们是成吉思汗《大札撒》的守护者，而忽必烈则是一个彻头彻尾的背离者。
南宋的灭亡标志着中国统一局面的再现，也成为忽必烈新征程的开始。日本、安南、占领城市、缅甸国家和爪哇一个接一个地被列为他的征服目标。
不幸的是，幸运之神不再关心忽必烈，他的好运逆转了，上述征服行动一次又一次地失败了，特别是让他难以释怀的是18年（1281年）征服日本的惨败。
当蒙古兴起时，日本正处于镰仓幕府的统治之下。忽必烈即位，成功解决了美丽的问题，并将目光投向了日本。
从元三到十年(1266-1273年)，忽必烈先后五次派使臣赴日招抚，希望不战而屈人之兵，但都不能拿回来，于是引发了元十一年(1274年)的第一个征日。在这次征兵中，虽然大军在今天九州福冈附近的博多湾等地登陆，但由于台风袭击，大部分战舰被摧毁，最终失败。
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第一次征日并没有让忽必烈气馁。这时，他正密切关注南宋战争，于是继续派使臣到日本招抚。这一次，幕府终于给出了明确的答案——将来全部斩首。当消息传到大部分时，忽必烈终于被激怒了，成立了一个专门对付日本的机构——征东行省。
到18年5月和6月，两支巨大的远征军驶往日本：一支从合浦（今韩国马山）出发，由第一次征战日本将领忻都率领，共有4万人和900艘战舰；一支从庆元（今浙江宁波）出发，由南宋将领范文虎率领，共有10万人和3500艘战舰。但八月初，台风再次展现神威，彻底摧毁了元军战舰。十四万军生还不到五分之一。前现代世界历史上最大的海上远征失败了。
这是忽必烈一生中从未遭受过的惨败，使他失去了面子，成为他心中永恒的痛苦。此后，虽然忽必烈三次重组征收东行省，但他再也不能派船一卒。巨大的征求需求使人民不堪重负，国家财政岌岌可危。
在台风的帮助下，日本炮制了所谓的“神风”，这就是太平洋战争后期出现的“神风突击队”。
元朝第二次征日失败的原因有很多。
就日本而言，在第一次战争经历之后，幕府已经在九州沿海建立了坚实的工作，精锐武士聚集在这里，等待工作，等待严格的阵列。相比之下，元朝似乎准备不足。例如，当元军要求忽必烈为远征军配备足够的战马和火器时，忽必烈以海战不需要此类装备为由拒绝。忽必烈没有仔细考虑征日统帅，以至于将军之间战前矛盾重重，无法协调统一指挥，在鹰岛落后一个月，失去了最佳战斗机。
更致命的是，由于军事调查期限非常严格，许多远征军战舰没有龙骨，只适合内河航行。日本九州的海下考古发现已经充分证实了这一点。在台风袭击时，用这样的战舰越海攻击日本会留下巨大的隐患。据说，所谓的“神风”的力量实际上主要是由元朝本身造成的。
为什么战无不胜的蒙古两次征日都失败了？