朱元璋是埋在明孝陵还是其他地方，只要能进入明孝陵地宫，真相就大白了，但有传言说孝陵地宫被盗了。
为了找出历史真相，研究明代第一陵的建筑规制及其后期影响，经国家文物局批准，江苏省、南京市文物主管部门安排，自1997年以来，南京市文物研究所和中山陵园管理局文物办公室对明孝陵进行了6年的考古勘探和研究。在磁测的帮助下，考古学家(GMP)技术，在选定的核心区2万多平方米的区域内，通过探测地下介质(土、石、砂、人工物质)磁场的空间分布特征，输入计算机分析，根据其空间磁线分布图像的不同，确定地下埋是否存在及其形状，最终成功查明了明孝陵地下玄宫的位置。
最初的测网布置以明楼为中心。A测网从明楼北的石坎起，直达宝顶。布网是大多数帝王陵墓的神道、墓道、宿舍都在一条直线上。探测结果发现，中轴线上没有想象中的地下结构。接下来，B测量网沿中轴线东侧设置，通过氦光泵磁力仪跟踪向东南延伸的磁导信号。结果表明，这是一个长度为120米、内径为5-6米的连续隧道结构。
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经地表调查，在相应的宝城墙上可以看到两个明显的张力裂缝和下沉错位，推测这里可能是隧道结构，是地下宫殿墓道的入口之一。
增加东南C测网后，发现宝城明孝陵地宫中心，确认朱元璋埋在独龙阜下几十米处，地下宫保存完好。考古学家还发现，独龙阜山表面至少60%是人工修复和填充的，宝顶上布满了大量有规律排列的巨型卵石。经研究分析，这些卵石是当年造陵时搬运的，是帝陵美学的要求，也是为了防止雨水冲刷陵表，挖掘盗陵者。这样，借助高科技手段的勘探，最终排除了过去流传的地宫被盗的说法。
明朝皇陵明孝陵被盗吗？朱元璋埋在里面吗？