明朝巨大的皇室——凤阳朱的数十万成员在第一次灾难中被农民军屠杀。另一部分在抗清保国战争中英勇牺牲。除了这两部分，在这场前所未有的灾难中幸存下来的皇室成员开始了更艰难的生活。
据历史记载，明清鼎革时期，一些皇室成员，如皇太子朱慈朗、崇祯三子定王朱慈炯、四子永王朱慈英、秦王朱存枢、晋王朱求桂、代王朱传(火+齐)，首先被李自成农民军俘虏到北京。清擦攻占北京后，这部分被俘皇族在兵荒马乱中失踪，生死不如，下落不明，一直成为历史疑问。
为了避免清朝的迫害，一些皇室成员在国家破裂和家庭死亡后，开始了艰难的逃亡生活。例如，宁藩的八座山人在明朝死后自动放弃了朱姓，自称雪。后来，他们干脆出家当和尚。他们只是在明朝灭亡的日期里偷偷地在他的画中形成了一朵花，以永远不要忘记他们是明朝的后代。
安昌沦陷后，周藩分支安昌郡王朱肃渣逃往浙东，投奔鲁监国以海。舟山失败了，他死了。他的儿子安昌长子朱某年轻，被母公主带走逃跑。后来，为了避免清廷的迫害，他来到杭州杭净寺，出家拜豁堂和尚为师，成为和尚。后来，他去松江的一个荒野破庵偷生。母妃临死时把王印交给儿子，安昌的僧人泄露了这个消息。结果，安昌的王长子仍被政府逮捕和处死，数百名死者参与了安安的僧侣。
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广东梅县也有一个传说，说北京沦陷后下落不明的王子朱慈朗，其实和汉林院编修东宫讲座的嘉应人李七春一起潜回了李的家乡梅县。后来为了躲避清廷，王子也把头发剪成僧，取法号“(大下加罗)和尚”。在梅州阴那半山人迹罕到的地方，修建了一座名为“紫殿”、又称“圣寿寺”的寺庙，然后在这座深山上死去。死后，他被当地人尊为“太子菩萨”。
《清仓钞票·名字》记载，明朝死后，“天皇贵族，迁徙流亡，都改姓自晦”。《犯罪记录·楚昭王震传》还记载，明末楚藩沦陷后，楚藩分支祁阳王朱逃往福建。福建沦陷后，他和一位名叫严伟的学者一起“更名为瑶中自保”。因此，在今天的瑶族中，也应该有明朝皇室的血统。
《罪只录》还记载，出生在某个家庭的所有学生，明亡后绝望出家。他们第一次在无锡王子庵当和尚，后人在边界灯寺当住持。他们有法号，能诗会画。他们当时很有名，但从来没有和别人讲过老故事。
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也有一些明朝宗室成员被迫投降清朝，接受满族统治，以免被绝世之劫。鹿王朱常(福+芳)是前期投降清朝的，其后裔不明。最后也是最大一批投降清朝的是逃到台湾省的那批。1661-1663年间，大量宗室成员渡海来到台湾省，当年国姓爷郑成功父子收复台湾省后，优礼宗室。例如，1663年，辽藩长阳郡王之子宁靖王朱术桂保护鲁监国朱以海妃陈氏和遗腹子朱宏桓东渡台湾。泸溪郡王朱慈(火+着)来台湾省避难。、朱慈，泸溪县将军，奉新县将军朱慈(火+广)、奉南郡王朱和睦，益王朱怡镐，舒成郡王朱慈(火+喜)、朱义浚，乐安郡王，朱尊(福+柬)，巴东郡王。这些皇室王子和孙子受到郑父子的礼遇，在台湾住了几十年。然而，在康熙22年（公元1683年），清朝施琅攻占台湾省，郑氏政权降清。大多数逃到这里的明朝宗室被俘，被迫投降并接受满清统治。据说施琅来到台湾省，立即收集了这些皇室的最后通牒和印信。到目前为止，清朝统一了全国，整体形势稳定，所以他们假装宽大仁慈。他们没有杀死这些明朝的遗民，而是强迫他们搬到大陆，安置在山东、河南和其他县。因此，这部分宗室后裔可以传递下去。
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在台湾省失陷时，宁靖王朱不忍当亡国奴，上吊自杀殉国。他没有孩子，以比他低一代的益王朱的儿子命名为朱，只有七岁。据史书记载，朱被迫迁回大陆后，于1693年被清朝安置在河南开封府祁县，后人居住在这里。
据资料显示，宁藩的一些宗族后裔在明朝去世后仍留在江西。直到今天，他们仍然是江西朱氏的重要组成部分。清末民国时期，该家族继续修复《江西八朱氏宗谱》，至今仍保存在江西省博物馆。此外，在湖北省绵阳，明朝的宗族后裔今天也存在。
每当朝代进行鼎革时，新建的王朝总是要根除前朝的王朝。然而，没有一个政权像满清王朝那样被外国人入侵，作为一个小偷感到内疚，害怕明朝的家庭，并在清初对明朝实施血腥的屠杀政策。这给凤阳朱带来了比明末农民起义更残酷、更可怕的灾难。直到康熙时期（公元1662-1722年），情况才发生了轻微的变化。
康熙七年(公元1668年)，清圣祖爱新觉罗·玄烨下了这样一个圣旨:“圣旨明朝有许多子孙后代，有些人潜伏在山林中，让他们回到田野里；有改姓埋名的，姓氏复旧。康熙二十三年(公元1684年)、38年(公元1699年)，康熙皇帝南巡时，两次前往南京祭拜开国皇帝朱元璋埋葬的孝陵，下令拜访明代后裔，奉守朱氏世祭。但是由于无法访问，没有结果。再到雍正二年(公元1724年)，清代宗胤祯正式走访了明朝的后裔朱之琏，被命名为一等侯，进入正白旗命令世袭，以奉明孝陵的春秋祭祀(这样，明朝的后裔又有一个加入满族)。到目前为止，明宗室的后裔结束了逃亡生活，恢复了普通平民的身份。
明朝朱氏皇族悲惨命运 几乎没有被农民军屠杀的余地