1399年8月，燕王朱迪誓师抗命，下甲士兵，打着“清君侧”的旗号起兵“靖难”。史称“靖难之战”。朝廷和燕王之间开始了血腥而持续三年的军事对抗。在叛乱开始时，燕王并没有占据军事优势。他的军队只有10万人；除了他的封地北京，他没有控制任何其他领土。南京建文朝廷拥有三倍于燕王军队的常备军，拥有全国经济，废除了几个藩国。然而，燕王的领导能力和高素质的军队却无与伦比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力薄弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。许多将领投降了燕王，直到他们节节败退。
朝鲜国王李芳远公开表示支持朱允文打燕王，建文朝廷从朝鲜输入了许多战马，以增强其战斗力。然而，这些方法并没有影响失败的战争结果。
建文四年六月，燕军渡江直接进入南京城下，谷王朱(huì)与曹国公李景隆开金川门迎降，京师破裂。燕兵进入北京。在燕王军队到达后的一场混战中，南京的宫殿大院着火了。当火势扑灭时，灰烬中发现了几具烧焦的残骸，这是无法辨认的。据太监说，他们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。
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朱迪登位后，将忠于建文的诸臣剥皮，下油锅下油锅，将女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营。一个女人每天一夜都会被二十多个男人羞辱，情况也会经常向朱迪报告。如果她被摧毁，朱迪会给她的尸体喂狗。
但朱云文的下落最终成为一个悬而未决的案件。没有人能确定他是否真的被烧死了；后来，有同情心的历史学家说，他假装是和尚，逃离了南京。当然，官方记录只能说皇帝和他的长子死于困境；否则，燕王就不可能成为皇帝。朱云文最终的真正命运仍然是一个谜。
朱允炆是怎么下位的？是被燕王朱棣逼迫的吗？