朱元璋为御侮防患，在位期间两次分封诸子为藩王。藩王各有重兵，坐在一边
，特别是秦、晋、燕、宁王势力最强。洪武二十五年(1392年)王子朱标病逝，继立为皇太孙的朱允炆对诸王势大难制深感担忧。朱元璋晚年，功臣宿将被杀，北方军事均以诸王主之。不久，秦王朱仙、晋王朱贵先后死亡，而燕王朱迪、周王朱耀及齐、代诸王自尊，多行不法，朝廷孤独危险。因此，朱允炆在1399年即位后，与齐泰、黄子澄等密议削藩。因为燕王朱棣势大难图，所以从朱棣和母弟周王始割藩，周、代、岷、湘、齐诸王先后砍伐，湘王自焚，其余都废为普通人。
为了图朱迪，朱允炆命令张冰为北平布政使。谢贵和张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平(今北京)。此外，他们还调查了燕府的护卫士兵，并在都督忠、徐凯、宋兵开平、临清山海关等地加强了防燕措施。建文元年六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，朱棣将举兵反状，是发兵逮捕燕府官属，并密封张信逮捕朱棣。张信是朱棣的旧部，此时随后降朱棣，朱棣立即为备。七月，朱棣以计擒杀张冰、谢贵(装疯以麻痹两人)，并命令燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻占北平九门。后来，以尊祖训、杀“奸臣”齐泰、黄子澄的名义，为国家“靖难”宣誓出征。
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战争开始时，由于北方许多将军朱迪的旧部队，朱迪从许多战士那里降落。朱迪军先后下通州、蓟州、怀柔等城，宋忠死亡。8月，朱云文以太祖老将耿炳文（擅长防守）为将军，率领30万名师傅攻打朱迪。先锋抵达雄县，攻击朱迪，9000人全部死亡。复战在真（今河北正定），再次失败。
朱允炆随后以勋戚李景隆代替耿炳文，调兵50万伐燕，筑垒九门，围攻北平。10月，朱棣亲自率领大宁骑行，执宁王朱权及其妃妾世子获得了多颜三卫骑兵(相当于雇佣兵，都是战斗力极强的蒙古骑兵)，兵力突然增加。李景隆利用虚攻北平，但无法克服(朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城)。燕王师从大宁回来后，于郑灞大破李景隆军。朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰，太常寺卿黄子澄，以缓燕师。建文二年四月，双方再次战胜白沟河，李景隆再次战败，燕师乘胜围攻济南。山东参政铁铉坚守济南，以逸待劳，燕师久攻不下，败还。九月，朝廷升铉为山东布政使，改命盛庸代李景隆。
12月，盛庸率师与燕军在东昌(今山东聊城)作战。燕师大败，将军张玉战死。建文帝在三年内复出并担任黄职。2月，燕师再次南下。3月，盛庸在沱沱河被打败，吴杰被打败等于高城。朱允文以放逐和黄的名义出去招募勤奋的王者。当时，朱迪虽然多胜，但损失惨重，朝廷军源广阔。燕军在河北和山东攻下的城市，兵回后被朝廷士兵所依据。
同年年底，一些内臣从北京老师那里告密，朱棣知道南京空无一人，决定改变战略，在四年的第一个月带领老师南下。4月，连破何福、平安师、5月克泗州、扬州。建文帝派庆成郡主到燕师，乞求和平，燕王不允许。6月，江防都督陈邈以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，逼近南京。谷王朱与李景隆开金川门，南京城陷，宫中火起，朱允邈不知所终。
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朱迪攻下南京后，1402年7月17日，在拒绝了他的支持者几天的反复劝说后，他成为了皇帝，但他没有继承朱云文的皇位，而是继承了明太祖朱元璋的皇位（废除了建文年号，建文四年改名洪武三十五年）。
下令大力搜索齐泰、黄子澄等建文朝臣50余人。朱迪还命令太祖皇帝制定的所有成法和官制，以恢复祖训。靖难之战是明初围绕皇权斗争日益激化的必然结果。朱迪以强藩起兵夺取王位后，北方不再有强藩。
为什么朱棣要发动靖难之战？明朝靖难之战简介