赤眉军从长安东归，在华阴遇到了冯异所部。两军相持60多天，冯异收降5000多人。建武三年(公元27年)春，刘秀派使者任命冯异为征西将军。
这时，大司徒邓禹和车骑将军邓弘带兵东归，也抵达华阴，并要求与冯异合兵进攻赤眉军。邓弘带领军队攻击赤眉，被赤眉军击败。冯异不得不带领军队与邓禹一起去救援。赤眉军撤退了。
冯异劝邓禹暂时收兵，邓禹贪功追击，被赤眉军挥戈反击，打得大败，士卒死伤逃走，溃不成军，邓禹逃到宜阳。冯异和他的几个人弃马步行，走回西阪(今河南省绵池县南部)，收集溃卒，收集附近几万地主武装，复战。先在精兵伏道旁，让他穿上赤眉军服装，假装赤眉军。接着，纵兵会战，赤眉军疲惫不堪，伏兵尽起。赤眉军不分真假，惊慌失措，大败于萧底，余众十多万，东奔宜阳，陷入重围，被迫投降。因此，刘秀给书赞扬冯异，让他入关，平定关中。
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此时赤眉虽已投降，豪强地主武装分据各县，自称将军，拥兵多的有万余人，少的也有几千人，互相攻击。冯异边战边走，在上林园屯兵。延岑打破赤眉，自称武安王，设立了州牧郡守，想占领汉中，并带领张邯、任良一起攻击冯异。冯异将他打破，斩首千余级，诸营保守附属于延岑的都来到冯异。延岑走攻析县，冯异派遣复汉将军邓烨、辅汉将军于匡攻击延岑，大破延岑，将苏臣等8000多人投降到汉军。
延岑从武关逃到南阳。这时，人们饿了，人们吃人。一公斤黄金只能换成五升豆子。然而，道路被切断和隔离，无法运输。士兵们把水果当作食物。刘秀命南阳赵匡带领军队帮助冯毅右扶风，并将其送到丝绸和谷物。军队呼唤万岁。
冯异士兵的粮食逐渐增多，不服从命令的英雄逐渐受到惩罚和打击；表彰和奖励那些在降附后做出贡献的人；所有的帅哥都被送到首都师傅，所有的部门都分散在他们的职业生涯中，威德在关中很受欢迎。只有吕金枪、张邯、蒋震派使者投降蜀，其余均平定。
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第二年，公孙述派将领程燕跟随吕金枪出驻陈仓。冯异和赵匡迎击，程燕退出汉川。冯异在吉谷追战，然后破程燕，回军攻击，破吕金枪，投降了很多营保。
后来蜀多次派将领乘间出来，冯异常给予毁灭和挫败。召集人民，申请冤屈，前后只有三年时间，很多人来上林归附。
冯异带领军队很长一段时间，感到不安。他写道，他崇拜朝廷，愿意在宫殿里相亲。刘秀不允许。后来，有人奏章，说冯异在关中武断专行，杀害了长安县令。他有很强的威望和权力。人们说服他，称他为“咸阳王”
刘秀派人给冯异看奏章。冯毅害怕。他写信感谢自己的罪行，说:“大臣原本是儒生。他在战争中获得了被命令的机会，充满了行军之间的善良和私利。他被崇拜为将军，封爵为通侯，并被任命为西方特委。为了建立微功，他从国家利益出发，无视自己的个人利益。我俯伏自思，以诏命征服，常常得到如意的结果；有时候，用自私来决定，并没有感到遗憾。皇帝独特的明智，久而远大，就知道‘性与天道，是不可得而闻的。“当兵革开始兴起，熙熙攘攘，混乱不堪时，英雄们竞相竞争，许多人感到困惑。我可以在你的指挥下承受这种经历。在过去危险和混乱的情况下，我仍然不敢犯错误。更重要的是，现在世界是稳定的，上下是卑微的。当我受到爵士乐的青睐时，我还能做一些深不可测的事情吗？我真诚地希望谨慎和勤奋，以保持一致。看着圣上转示给我的奏章，我战战兢兢地害怕。
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我想知道我的愚蠢，所以我敢于表现出我的心。”刘秀用诏书回答说:“将军对国家，义为君臣，善如父子。你害怕什么嫌疑？”
建武六年(公元30年)春天，冯异来到京朝皇帝。刘秀中的黄门给了他珍宝、衣服和钱。他说:“我被困的时候，没有楼亭送我的豆粥，也没有沱沱河送我的麦饭。我很久没有回报了。冯异磕头谢道：“我听说管仲曾对齐桓公说：‘愿君王不要忘记射钩的事，我也不要忘记阈值车的事。齐国赖此而强。我也希望皇帝今天不要忘记河北的灾难，我也不会忘记你在巾车里赦免我的恩德。“后来，几次宴会被介绍，讨论了讨伐公孙的问题。十多天后，冯异的妻子和孩子们跟随冯异回到了西边。
夏季，刘秀因派遣将领在陇右被奎嚣打败，改命冯异进军楚邑。冯异还没到，魁嚣派部将王元、行巡率领2万多人下陇，因此分遣行巡攻取邑。冯异立即驱兵，准备先占领楚邑。诸将都说：“奎嚣兵盛，乘胜而来，不能与他竞争。在方便的地方停下军队，慢慢思考策略。冯异说：“奎嚣兵临境，习惯于争小利，只想乘势深入。如果我抓住了香邑，三辅就会动摇，这是我的担忧。兵法说‘攻者不足，守者多’。现在，先占城邑，以逸待劳，不是和他竞争。暗中进城关闭城门，偃旗息鼓，行巡不知，奔向楚邑。冯异乘其不意，突然击鼓建旗杀出，行巡军惊慌失措地奔跑，冯异追了几十英里，大破行巡。祭遵也在朝鲜攻破王元。因此，北地诸豪长耿定等，都叛枭嚣而降汉。冯异上书说明情况，不敢自矜其功。
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刘秀感到担忧，于是发了一封印章说:“大司马(吴汉)，虎牙(盖延)、(耿)、汉忠(王常)、捕获(马武)、武威(刘尚)将军:俘兵率众下陇，三辅惊恐。危亡在于旦夕。按兵观望北地各营保。如今偏城得以保全，俘兵遭遇挫折，使耿定之流，复念君臣之义。将军征西功如丘山，还以为自己不够矜持。孟之反殿后拒齐兵而不自言自语有什么区别？现派太中太夫赏赐西吏士，死伤者以医药、棺葬、大司马以下，亲自吊死问伤，以表示谦逊。使冯异进入义渠县，并兼北地太守事宜。
青山胡率万余人投降冯异。冯异再次攻破卢芳将贾览、匈奴日逐王。上郡、安定投降后，冯异又安定太守事宜。
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建武六年(公元33年)，祭遵去世，刘秀令冯异代表将军征虏，并统领原祭遵部队。凯嚣死后，部将王元、周宗等再立凯嚣的儿子凯纯，继续总兵，占领冀县，公孙述派遣部将赵匡等救凯纯，光武再让冯异兼任天水太守。赵匡等了将近一年的进攻，把他们都砍了。诸将共攻冀县，不能攻下，准备暂时回兵休息，冯异坚持不动，常为众军先锋。
建武十年(公元34年)，冯异和诸将攻落门。落门还没攻下，冯异就在军中病死。刘秀得知后，给了他一个节侯的头衔。
功高盖主却能善终，他是如何感谢罪保平安的？