斐逊在驻法大使期间，谢司起义爆发在美国马塞诸塞州(Shay’s Rebellion,1786-1787)。
参加革命战争的士兵谢司率领1200人攻击当地联邦军的火药库，但被击退。起义的原因是小农不能承担沉重的土地税和高额的诉讼费用，面临因无法偿还债务而失去财产和入狱的风险。杰斐逊得知此事后，写信给大陆会议员、未来总统詹姆斯·麦迪逊，主张宽大处理起义者。他在信中讨论了三种社会形式。第一个是印第安人等无政府社会。二是有政府社会，每个公民都有渠道影响自己的意愿。在较小程度上，英国社会是这样的；美国在更大程度上是这样。三是狼群治理羊群的专制政府。这种形式无疑是邪恶和不可取的。不确定第一种社会形式是否最好，但不适合人口众多的社会。第二种形式有很多优点。它使社会上的大多数成员能够享受自由和幸福。但它也有缺点，其中最大的容易骚动。
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但与专制政府统治下的压迫相比，这一弊端微不足道。杰斐逊说，如果他想选择，他宁愿动荡自由，也不愿奴役稳定。即使是这种缺点也会产生良好的后果。能防止政府腐化变质，培养公众对政治的关注。杰斐逊认为，偶尔发生一些小规模的动荡是一件好事，在政治生活中是必要的，就像风暴在自然界中是必要的一样。人民起义本身就表明他们的权利被侵蚀了；镇压起义会进一步侵蚀他们的权利。动荡是保持政府健康的良药。正直的政府官员要宽大处理起义者，不要采取高压政策。这封信充分展现了一位杰出政治家的远见和宽广胸怀。
由于杰斐逊和其他人的影响，谢司起义的参与者后来被赦免。谢司本人先被判处死刑，但一年后也被赦免。
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杰斐逊批评奴隶制，但他有奴隶制。虽然当时废除奴隶制的机会还不成熟，但似乎很难释放自己的奴隶制。即使是像他这样的伟人也很难摆脱历史的局限性。
谁主导谢司起义？它对美国有什么影响？