布哈拉汗国共分为三个王朝：昔班尼王朝（1500-1599年）、阿斯特拉罕王朝(又称“扎尼王朝”)和曼吉特王朝(又称“海达尔王朝”)、1785-1920年，布哈拉埃米尔国)。
1500年，乌兹别克人首领昔班尼率兵从北进入河中，占领撒马尔罕，推翻中亚帖木儿后裔的统治，建立昔班尼王朝。这个王朝原定是撒马尔罕，1561年迁都布哈拉，随后被称为布哈拉汗国。1505年，昔班尼夺取了花拉子模，1507年，攻占了赫拉特，摧毁了木儿帝国。1510年，前班尼在梅尔夫城被费尔干纳统治者莫卧儿王朝的巴布尔和波斯人的萨法维王朝联军击败。昔班尼死后，国家濒临崩溃。1512年，前班尼的侄子迅云赤执政时，率领军队在尼尔杜万战役中击败萨法维王朝和巴布尔，恢复和巩固了河中乌兹别克人的统治。在阿布德·阿拉赫二世统治时期，布哈拉汗国家实力雄厚，重新征服霍拉桑和花拉子模型，夺取费尔干纳和塔什干，入侵哈萨克草原腹地。1598年，阿布德·阿拉赫二世死后，国内动乱、霍拉桑等地复失。
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阿斯特拉罕王朝于1599年开始统治布哈拉汗国。伊玛目·库里在位时，加强了中央集权，以伊斯兰教法治国，政治经济相对稳定，商业繁荣，纺织品、陶器和纸张出口国外。随后，乌兹别克族的分裂势力日益强大，王族内讧加剧，波斯萨法维王朝、阿夫沙尔王朝、印度莫卧儿王朝和希瓦汗国家也频繁入侵。苏布汗·库里在抵御外部入侵和平定内乱方面取得了一些成就，但汗国正在衰落和分裂。18世纪初，浩罕(中心在费尔干纳)从布哈拉汗国分裂，建立了独立的浩罕汗国。1740年，波斯纳迪尔沙入侵，阿布都拉·哈兹投降，1747年被杀。乌兹别克封建王朝逐渐成为波斯封建王朝的附属国。
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曼吉特首领马桑·沙·穆拉德在阿斯特拉罕王朝末代可汗阿布·加兹统治期间，娶了他的女儿，建立了曼吉特王朝。在他统治期间，他采用了“埃米尔”的称号，实施了行政和财政改革，修建了水利，发展了农业，加强了布哈拉汗国家的中央政权。纳斯尔·阿拉赫·巴哈杜尔统治时期，加强军队建设，不断扩大领土，试图称霸河中地区，多次出兵干涉浩罕汗国。1868年，在穆扎法尔丁·巴哈杜尔统治时期，布哈拉汗国成为沙皇俄国的附庸。1920年9月，当地人民和苏俄红军推翻了曼吉特王朝，建立了布哈拉苏维埃人民共和国，布哈拉汗国正式灭亡
布哈拉汗国：乌兹别克人建立的波斯文化圈封建王朝