在第四次十字军东征中，西欧骑士和威尼斯人共同占领了君士坦丁堡。逃离君士坦丁堡的拜占廷贵族建立了伊庇鲁斯专制君主国、特拉布松帝国和尼西亚帝国三个希腊主导的拜占廷流亡政权。
尼西亚帝国的核心区位于小亚细亚半岛西部，是原拜占廷帝国人口最密集、农业最发达的地区之一，其有利的地理位置（守护黑海峡通道）和资源使尼西亚帝国比其他拜占廷继承国更丰富，并逐渐成长为原拜占廷帝国领土上最强大的国家，最终尼西亚军队于1261年恢复了君士坦丁堡，恢复了“拜占廷帝国”。
尼西亚帝国除了主要由拉丁人和保加利亚人控制的色雷斯地区外，还拥有原拜占庭帝国人口最密集的地区。因此，尼西亚帝国可以召集多达2万人的军队。帝国与十字军国家多次战争的记录确认了这一数字的可靠性。尼西亚军队延续了原科穆宁王朝军队的一些特点，但尼西亚帝国没有科穆宁王朝皇帝那么多的资源，因此其军队在数量和质量上远低于科穆宁王朝的鼎盛时期（曼努埃尔一世皇帝或更早）。
以首席贵族（至尊独裁者）伊萨克和阿列克修斯·拉斯卡利斯为代表的拉斯卡利斯家族成员（两人都是先帝塞奥多利的兄弟）在拉丁帝国的支持下挑战约翰三世的王位。约翰三世·瓦塔基斯在1224年初（或1223年底）在伯曼农战役中击败了他们的联盟，巩固了他们的王位，夺回了拉丁帝国几乎所有的亚洲领土。
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之后，约翰三世收复了爱琴海上的一些岛屿，如莱斯博斯岛、希俄斯岛和罗得岛，并攻入色雷斯，但遭到了另一个拜占廷流亡政权伊庇鲁斯的对抗。1224年，伊庇鲁斯第二代统治者塞奥多利·科穆宁·杜卡斯消灭了拉丁人建立的塞萨洛尼基王国，并自称为皇帝。但伊庇鲁斯政权的辉煌是短命的，科洛克尼察1230年(Klokotnitsa)伊庇鲁斯军队在战斗中被保加利亚沙皇伊凡·阿森二世摧毁，塞奥多利·科穆宁·杜卡斯被俘，大部分领土被保加利亚人占领。伊庇鲁斯、尼西亚、拉丁帝国和保加利亚在拜占廷帝国欧洲的一些领土上形成了复杂的四角关系（特拉布松失去了黑海南岸的许多领土，不再与尼西亚接壤，军事力量不足，退出了帝国正统的竞争），尼西亚帝国成为最强大的拜占庭继承国。
此时，巴尔干最强大的力量是伊凡·阿森二世统治下的保加利亚。拉丁帝国的皇帝鲍德温二世同意与伊凡·阿森二世的女儿结婚，以满足后者成为君士坦丁堡（鲍德温未成年人）的雄心壮志。然而，在没有伊庇鲁斯的威胁后，拉丁帝国撕毁了与伊凡·阿森二世签订的合同。鲍德温二世娶了前耶路撒冷国王布里安约翰的女儿玛丽亚，布里安约翰担任拉丁帝国摄政王。愤怒的伊凡·阿森二世转而与尼西亚帝国联合，公元1235年双方签署协议，在既定事实的基础上承认对方的权力。仅仅一年后，伊凡·阿森二世就不愿意为他人做婚纱，回头与拉丁帝国合作，夺取尼西亚帝国在巴尔干的领土。但就在这时，保加利亚首都特尔诺沃毫无征兆地发生了一场瘟疫，伊凡·阿森二世认为这是上帝对他出尔反尔政策的惩罚。于是撤军，于次年(公元1237年)再次与尼西亚签订合同。
伊凡·阿森二世于1241年6月死于首都特尔诺沃。其子科洛曼·阿森(Koloman
Asen，1241-1246)即位，第二保加利亚王国由盛转衰。
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1242年，蒙古人入侵安纳托利亚东部，在克塞山战役(1243年6月)重创塞尔柱人的鲁姆苏丹国。鲁姆苏丹成为蒙古附庸，1246年凯库斯二世死后分为三个部分，暂时消除了塞尔柱人对尼西亚帝国东部的威胁。
1245年，约翰三世嫁给了霍亨斯陶芬皇室公主康斯坦斯(神圣罗马皇帝腓特烈二世的女儿后来改名为安娜)，与神圣罗马帝国结盟。1246年，约翰进攻保加利亚，光复色雷斯和马其顿大部分地区，收复塞萨洛尼基。约翰在1248年再次击败保加利亚人，包围了拉丁帝国。直到约翰在1254年去世，他才在巴尔干扩张，为光复君士坦丁堡做好了准备。
约翰三世的儿子塞奥多利二世继位。他打败了保加利亚人的入侵，进一步扩大了尼西亚帝国在巴尔干的领土（吞并了都拉佐和希腊的Servia）。然而，塞奥多利二世患有癫痫，在位四年后死亡（1258）。王子约翰四世7岁登基，大贵族米海尔·帕列奥列格发动政变，杀死原摄政王、塞奥多利的小乔治·穆扎伦，成为新的摄政王，明年成为共治皇帝。伊庇鲁斯专制君主国已成为尼西亚附庸，借此机会反叛，并与西西里国王曼弗雷德和拉丁人的亚应亚侯国合作；然而，在1259年佩拉冈尼亚战役中，米海尔八世率领的尼西亚军队决定性地击败了他们的联军。
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此后，米海尔八世致力于光复君士坦丁堡。因此，他与热那亚签署了1261年南菲宏条约（授予热那亚人以换取海军支持的贸易特权）;1261年7月，拜占廷将军Alexios
Strategopoulos带领800名巡逻部队在色雷斯前线调查保加利亚人的动作。在完成任务返回中国的路上，他们在君士坦丁堡希腊居民的支持下混入城市，然后烧毁了威尼斯居住区；由于当时拉丁帝国为数不多的军队外出作战，拉丁帝国鲍德温二世无法组织抵抗，只能乘船逃跑，尼西亚帝国意外地恢复了首都，8月15日，米海尔八世举行入城仪式，牧首阿森纽斯正式“加冕”;同年12月，米海尔废墟并刺瞎了年轻的约翰四世，拉斯卡利斯王朝被帕列奥列格王朝取代。
尼西亚帝国是如何扩张的？领土是如何逐步扩大的？