西晋以后从未南迁的世族地主，利用战争期间的宗族关系组织武装力量结坞自保。北魏入主中原后，为争取汉族地主的支持，任命坞堡主为宗主督察，允许他们收容人民，征收赋役，使各坞堡成为地方基层行政组织。
然而，宗主借此机会掩盖户口，导致“诸州户口、籍贯不实、隐瞒、废公无私”，出现“人多隐冒，50、30户一户”的情况。历史记载“魏初三长不立，故民多阴附，阴附者无官役，强势征集，比公赋多一倍”，“千丁共籍，公避课”。当时，当家庭被用作服务征收单位时，强势地主隐藏了大量户口，严重影响了北魏政府的税收和服务来源。
为此，北魏政府多次下令检查户口，要求隐户归籍。太延元年(435)12月下令:“从现在开始，他们躲起来避难，去别的地方旅游，当归还旧居，不问前罪。”延兴三年(473)9月下令检校户口。“十名使者被派往州县检查户口。有些人还是隐不出来，州、县、县、户主都是如律的。”。
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太和五年（481）7月，“户籍制度”继续整顿户籍。然而，这些行政措施并没有达到预期的效果，北魏政权与强大地主之间的矛盾也越来越尖锐。因此，检查户籍、清理户籍、整顿基层行政机构已成为北魏政府面临的重要任务。
太和十年(486)，李冲上疏建议实行三长制。他认为:“三正治民，源远流长。”因此，“在宜准古，五个家庭有一个邻居，五个邻居有一个长度，五个长度有一个党长，长度有一个强大的村民。邻居是一夫，里长二，党长三。复征守，余若民”。
李冲的建议得到了文明太后和孝文帝的支持，孝文帝下诏说:“又是邻里乡党的制度，由来已久。要让风教易周，家到日见，以大督小，从近到远，如身使手，做总条，然后口算平均，义兴起息”，“今革旧从新，为里党之法，在所牧守，宜以喻民，使知去烦即简”，从而正式实行三长制。
孝文帝强调“邻里乡党制由来已久”，三长制明显是中原早期农村组织制定的。三长制规定，五个家庭有一个邻长，五个邻居有一个里长，五个里有一个党长，分别由乡镇德行兼备的人担任。他们可以享受免役的特权。邻长免一丁，里长免二丁，党长免三丁。三年没有过错，可以升职。
三长主要负责检查户籍、督促租赁、调动、征收兵役和兵役，也可以在民间树立行为榜样、敦化习俗和平息纠纷中发挥作用，有利于社会秩序的稳定。三长制的实施，使大量农民摆脱了强大地主的阴影，通过邻里党组织纳入国家户籍，成为实施均田、征收租金、转移税和兵役的对象，完善了北魏的基层行政组织，为均田制度的实施提供了组织基础。
孝文帝在经济改革中将土地、赋役、劳动紧密结合，实施均田、设立三长、改革租调三个方面相互联系，相辅相成。其中，均田是基础，三长制是组织保障，赋役是目的。
孝文帝积极适应中原汉族农业经济和定居生活的特点，吸收和借鉴中原汉族王朝的统治思想和经验，促进拓跋部从落后游牧经济向农业经济的转变，逐步加强国家经济实力，巩固北魏社会和国家。
北魏入主中原后，为什么要立三长制整顿户籍？