战国中后期，秦惠文王采用张毅的计划，利用最后一代蜀王开明的芦苇挖掘石牛道（又称金牛道），然后从朱国砍伐蜀国，先摧毁蜀国，然后回到朱国和巴基斯坦，都取巴蜀之地。
秦灭巴蜀，给蜀带来了巨大的变化，就像外国文化突然取代了当地文化，大量的蜀、羌、巴、彝族开始逃跑（主要指贵族，历史总是为贵族写，平民，无论谁统治，他们都在那里，种植同样的作物，只是向不同的对象缴纳租金税）。
蜀人向南迁徙到今天的川南和云贵地区，部分融合成今天的彝族。云南大理的“茶”姓源于朱国遗民；
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彝族向西北迁移到青海高原，部分融合成今天的白马藏族；
羌族人向西迁徙到川西高原(冉人最初的居住地)，部分融合成今天的羌族人；
巴人向东缩回川东和重庆，部分形成了今天的土家族；
巴人和蜀人的土著人经历了战争的洗礼，剩下的很少。大部分都是山区(公交车、巫山)的土著人。现在巴人和蜀人基本都是后来迁徙到这里的“客家人”。
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秦朝统治蜀地初期，开明王子继续被任命为蜀侯，但实际上是一个傀儡，实权掌握在蜀相手中。当然，蜀相是秦人陈庄。
当蜀基本稳定时，陈庄在秦惠文王的指示下杀死了开明蜀侯。古蜀文明就此结束。蜀正式进入中原文明的发展轨道。秦的先进文化确实给蜀带来了快速的发展模式。此后，蜀成为秦争夺世界的大粮仓和后勤基地。
蜀侯被杀后，秦派公子通国为新蜀侯。陈庄继任蜀相，实权掌握在陈庄手中。一年后，秦惠文王去世，秦武王立。朝廷局势的变化给蜀国的统治者带来了恐惧和不安。因此，陈庄背叛了秦国，杀死了蜀侯通国，宣布自治，开启了蜀国历史上占蜀为王的新时代。
秦武王是一位好战之君。在位四年后，他发动了许多对外战争，甚至没有关注周天子。对于陈庄的反叛，他直接派左丞相甘茂和将军司马错率军队平叛。陈庄原本是外国统治者，在蜀国没有生根，很快就被甘茂打败杀害。
蜀乱平定后，秦武王任命的蜀侯名字不明。
秦昭襄王时，任命管教不善的公子为蜀侯，并命令他三年不得反秦。结果，公子玉在蜀国叛乱。秦昭襄王命令司马错再次平蜀。司马错杀了公子玉及其党羽27人，蜀国又干净了。为了避免历史重演，秦昭襄王废除了蜀侯国，并直接纳入秦县制管理。此后，蜀国成为秦国的一个县——蜀县。
揭秘:古蜀人的后裔去了哪里？