严格运用的学术思想主要体现在《济生方》中。这本书内容丰富，既有论，又有方，分别是外感和内伤，以及外、妇、五官等疾病。但以杂病为重点。
注意脏腑辨证。详细说明脉因证治疗。
严氏以脏腑理论为基础，从人体的生理病理特征来分析病因病机，以虚实寒热各种证候为立法疏方的依据。特别是对“脏腑虚实论治”的文章，对辨证论治，如“肝胆虚实论治”等文章，首先要讨论肝胆的生理特征和病因。然后讨论了肝胆寒热虚实的病证表现和治疗方法。他从脏腑功能出发，阐述了其常识和变化，以及脏腑病变的发生、发展、转归和治疗。讨论非常精辟、简洁，让人一目了然。因此，后人评价严氏方论“微言精要，相信司命绳墨”，更为恰当。在辨证施治过程中，严氏还强调了脉因证治的完整性，如“便血评治”一文指出：“脉来浮弱，按其带的也是下血。其病因“多因过饱，饮酒过度，房间劳损。荣卫气虚，风冷易入，邪热易蕴，留大肠为血”，证明“鲜血的风也是；颜色如小豆汁的人也是冷的；浊暗的人也是热的”，它的治疗方法是“风散，热则清，冷则温，虚则补”。这种脉因证治“四者不失”的观点体现了中医“辨证求因”、“审因论治”的特点。
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注重生化之源，补脾补肾
严强调照顾脾胃正气，他说：“夫人以天地为生，莫不以胃为主。盖胃受水谷，脾主运化，生血生气，以四体为主。认为脾胃“冲和”不能伤害，伤害就是疾病。谆谆告诫用药注意“不坏胃”。严氏在强调脾胃的同时，更注重肾脏的作用。例如，当他谈到“补真丸”时，他说：“房间过度劳累、真阳虚弱、坎火不温、脾土不能蒸、冲、失布、中州不运。…“古人云补肾不如补脾，余谓补脾不如补肾，肾气若强。丹田火经蒸脾土，脾土温和，中焦自治，膈开可食用。“这是对命门肾真火理论的继承和发展，对明代命门理论的发展有一定的影响。另一个例子是“遗浊”；“心脏病患者是遗精白浊-肾病患者也是遗精白浊。这一切都是心肾不交，关键不牢之故。“这是“心肾不变”的观点，也体现了严氏对先天基础的重视。
气道通畅，治疗善于调气
严氏认为“人之气道贵于顺，顺则津液流通”。调气在杂病的治疗中起着重要的作用。如果治疗中风，指出“内因七情得之者，法律应调气，治风不当，外因六淫得之者，先调气，再根据所感气随正治”。痰饮也提倡“顺气第一，分导第二”。又如治疗腹泻。提出“七情悲伤造成的，兼以调气药，随证主治，不失其机”。充分利用丁香、木香、沉香、檀香、砂仁等芳香理气药，既能通达气机，又能唤醒脾胃，是其优势。
为辩证、制方和用药做出贡献
严氏辨证论治，也有很多创意，如指出水肿必须与药物肿胀鉴别，“药物肿胀腹满但不肿胀，水肿面部四肢肿胀。治疗方法是水药，治疗方法是水药，而不是其他方法。”治疗水肿主张以实脾温肾为主，纵阳水实证，也应使用清平药，反对刺激剂的攻击，如鸭头丸治疗阳水，只取李子缓慢，配猪苓，防止自己的淡渗。用牵牛也是半生半炒，以缓其性，可见他用药一丝不苟。另一个例子是治疗痢疾。严反对早期使用固涩药物，并指出：“叹息世界的人经常使用罂粟壳、石榴皮、诃子肉和豆蔻来止涩。然而，痢疾主要是由于胃肠道饮食停滞引起的。。。“我们必须引导和清洁肠胃，从根本上说，然后区分它的风、冷、热和湿。还有治疗咳嗽的方法，还要戒掉早投乌梅、罂粟壳等收敛止咳药。以免闭门留寇。此外，严氏还非常注重药物加工。例如，除了将巴豆霜放入药处外，巴豆还经常用其他药物炒其性别，如治疗疝气的金铃子散、巴豆和川楝子一起炒去巴豆和印楝；治疗积累的香棱丸。用峨术炒；但痛散巴豆和良姜同炒良姜，说明严氏用药精细，制方精妙。
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严氏还注重制方的法度，指出：“间有药用团队，必使刚柔相济。佐使合宜。使用一刚剂，专而易效，必须用一柔剂制作，普通几刚柔相济，不特效之速，也能使之无后患。他的制方往往刚柔相济。动静结合。阴阳相须，如归骄汤用木香。肉桂用龟甲地黄汤补而不滞。滋而不腻，又如治疗血证，不专门止血，多参用温化祛瘀产品，或入姜汁。或入锦纹。或加入葱汁，或加入乳香，止血而不留瘀。可见其制方严谨。
严格运用和有哪些工作理论？他的想法是什么？