陈总结了妇女的生理特征、妇科疾病的病因、病机和治疗，可见其学术思想的概况。他强调了女性月经的先天来源，突出了冲任、天桂与月经的关系，也不忽视后天脾胃运化的水谷微量在月经中的重要作用。@ 他还将女性的生理发育和病理变化分为三类，即室女、已婚和七七天，即青春未婚期、已婚期和更年期，以总结和分析不同的病证。即室女期，由于青春期的变化，思想积累等情绪变化较多，其病多在心脾。绝经后的子宫出血多考虑肝肾虚热。至于一般的月经失调，认为多与冲、任、肝、脾有关。对于妇科疾病的发病机制，陈掌握了主要的病理变化，注重气血逆转、经络逆行、五脏功能异常、生化耗尽等方面，可以说是为了治疗疾病。
陈讨论了外科手术，强调热是病变的主体，将痈的病因总结为“一天，两瘦气滞，三怒，四肾气虚，五饮冷酒，吃热，服用丹药”，即从正气和邪气两个方面总结痈的病因，或责怪人体虚弱、肾气不足、房间劳动损伤，或由于七种情绪停滞、软膏梁厚味、外观六种淫秽，这些理解相当深刻。
对于痈疽的辨证，既强调五脏分证，又注重表内外，阴阳浅深缓急，又注重辨别善恶顺逆，吉凶死亡。他提出的“辨五善七恶”多为后世医生，即“饮食如常，一善也；实热大小便涩，两善也；内外疾病相应，三善也；肌肉好恶分明，四善也；用药如预期，五善也是如此。渴而喘，眼角向鼻，大小便反滑，一恶也；气绵绵，脉涩，与病相反，二恶也；看不见，眼睛明亮内陷，三恶也；没有溃肉黑，四恶也；溃青黑，腐筋骨黑，五恶也；痰，六恶也；呕吐，七恶也。而且认为五善见三则柴，七恶则四则危。
陈自明有哪些医学理论？他对妇科疾病有什么独特的见解？