吴菊通觉得当时医生墨守成规，不知道如何灵活治疗伤寒。他写了七卷《温病条辨证》，提出了三焦辨证论，对温病论做出了巨大贡献。他是继叶天士和薛雪之后温病学派的重要代表。吴鞠通的《温病条辨》是温病学的里程碑，是中医不朽之作。这本书分为七卷，以条文和注释相结合的方式阐述了温病。第一卷《原病篇》摘录了《内经》中关于温病的记载，并进行了注释，说明了温病的起源。一至三卷是上、中、下三焦温病的证候及调治方法。四卷杂说，提到救逆、紧急治疗和病后治疗，使读者不会造成临床混淆。五至六卷是“解产难”和“解儿难”，分为妇科产后和儿科惊风、痘疹的治疗。吴菊通创立了温病“三焦理论”，结合“卫、气、营、血”理论，创造性地提出了温病辨证论治的纲领和方法，大大丰富了中国传统医学宝库。写完《温病条辨》后，立即被广泛传抄，在医学界引起轰动，深受当代医生的重视和推崇。礼部相当有医学知识的尚书王廷珍为此作序:“我的朋友朱通吴子...描述先贤的格言，学生的生活经历”写成《温病条辨》，这是一部罕见的具有临床实用价值的作品。医生张维屏在书后评论道:“我在北京治疗温病，我做了很多工作，所以我收集了一个名人，附上了我的意图，读了十几年，考验了一本书...看了几个月，看到他苦心孤诣，分析条分，真心治疗温病不可或缺...然而，贝贝4医生必须先明确伤寒，然后才能明确温病，既知道伤寒，又知道温病。“珍藏医书类别”评价“温病条辨”“挺有条理的，可以作为治疗温病的津梁。“意园谈医书笔记”称赞“这本书是温病必读的书。"...由此可见，《温病条辨》确实是清代中医温病学的杰出作品。在王廷珍的支持下，嘉庆十八年(1813)吴鞠通的伟大作品出版了，并迅速传到日本，在国内外产生了很大的影响。淮安清代医生李厚坤继承了吴的理论，将温病条改为赋文，便于阅读和背诵，以启发后学者。吴氏作为现代中医学院的必修课，可见其深远的影响。
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他曾在北京查阅《四库全书》，得知吴又可的《温疫论》已经载入其中。他深深地感到，他的讨论是宏大而有力的，他的前辈们从未发表过。他非常有创造力，符合事实，所以他仔细研究，受到了极大的启发。他甚至称赞叶天士，但他认为叶氏的理论“多南方证，立论很简单，但杂证中散布着一些医案，人多忽之而不深究。因此，他在继承叶天士理论的基础上，参古博今，结合临证经验，写了七卷《温病条辨》，进一步发挥了温病理论。
他认为有9种温病，吴也可以说温疫是最具传染性的一种。此外，还有其他8种温病，可以区分季节和疾病表现，这是一种非常完整的温病分类方法。这本书创立了“三焦辨证”的理论，这是继叶天士发展张仲景六经辨证、卫气营血辨证方法之后，在中医理论和辨证方法上的又一创举。“三焦辨证”法：将人体“横向”分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦包括肝、肾、大小肠、膀胱。因此，创造了一种新的人体脏腑分类方法，非常适合温热病系统的辨证治疗，诊断清楚，施治方便。此外，三焦的正常传播方式是从上到下的“顺传”方式。“温病从口鼻进入，鼻气通过肺，呼吸通过胃。肺病的逆传是心包，如果上焦病没有治愈，就会传播中焦、胃和脾；如果中焦病没有治愈，就会传播下焦。始上焦，终下焦。因此，治疗原则由传变决定：“治焦如羽，不轻不举；治焦如衡，不降不安；治焦如胶，不重不沉。“与此同时，吴对《伤寒论》的六经辨证也采取了积极的态度，认为“伤寒六经从表到内，从浅到深，必须横观；本节论三焦，从上到下，从浅到深，必须竖观。“虽然这些理论在论证方法和分析方法上有所不同，但它们仍然继承了叶天士的卫气和血液辩证法，并发展了很大的发展，特别是在对疾病变化的理解上，可以权衡和协调，两者之间没有矛盾。同时，三焦辩证法也完善了叶天士卫气营血的治疗规则。叶氏的《温热论》中没有足够的处方，吴菊通的另一个重大贡献是，在《温病条辨》中，它为后代留下了许多优秀的实用处方，如银翘散、桑菊饮、藿香正气散、清营汤、清宫汤、犀角地黄汤等，这些都是后世医生非常常用的处方。临床上使用的方子，《温病条辨》方占十分之八九。
吴鞠通有哪些医学理论？对后人有什么贡献？