史学界将公元420年南宋建立，直到公元589年陈朝灭亡，才称之为南北朝。南北朝，顾名思义，天下成南北分治之势，其正统有二。众所周知，南京被称为“六朝古都”。这六个朝代是东吴、东晋、宋、齐、梁、陈，都定在今天的南京城(东吴叫建业，晋朝改名建康是为了避开晋朝皇帝司马叶的禁忌)。而且这六个朝代，都偏居江南之地，在时间上几乎连贯在一起，而且东晋与南朝宋之间还存在着明确的禅让承袭关系。那为什么南北朝以南宋为开始，却不以东晋或东吴为开始呢？
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事实上，这就涉及到“正统”之争。在儒家的世界观念中，“天无二日，民无二主”。因此，世界只能有一个正统。而且谁有“正统”的名字，就意味着它在政治上很容易得到支持。比如东晋十六国时期，前秦丞相王猛和傅坚的弟子傅融劝说傅坚不要征服东晋，因为东晋虽然远离江南，但是为了中国的正统，人心向晋，不适合征服。而傅坚执意伐晋，很大程度上是因为必欲灭东晋而心安理得。
因此，在世界动荡分裂的情况下，“正统之争”将成为各种力量争端的焦点。历史上最著名的“正统之争”是蜀汉与曹魏之间的正统之争。诸葛亮在《教师表》中说：汉贼不两立，王业不偏安。然而，从魏晋到北宋的官员（如司马光主编的《资治通鉴》）都以曹魏为正统，将蜀汉视为地方政权。
然而，宋朝南渡后，由于与蜀汉同病相怜，南宋理学家朱子主张以“血统”为正统，蜀汉正统论又开始抬头（匈奴的汉赵政权也以蜀汉为正朔，献给刘备和刘禅，但影响力较小）。自明以来，影响力广泛的小说《三国演义》也以蜀汉为正朔，这也使曹操的“奸臣”形象深深扎根于人们的心中。
虽然蜀汉与曹魏之间的正统纠纷相对激烈。然而，历史学界的主流仍然以曹魏为正统，汉、魏、晋、宋、齐、梁、陈之间有明确的禅宗程序。如果汉魏禅宗的合法性被否认，从根本上讲，晋、宋、梁、陈不应该是正统的，这显然是不现实的。
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到了陈朝，陈终于为隋所并，汉魏晋宋齐梁陈这一脉帝系传承就断绝了。因此，正统只能归因于隋朝，但隋朝的帝系是从北周禅宗中获得的。肯定隋的正统意味着不能否认北周的正统，不能否认西魏，不能否认西魏。也有明确的禅让程序，从北魏到西魏到北周到隋唐再到后梁，为另一支脉的帝系传承。由于类似的原因，从北魏到东魏到北齐，这一小支脉的帝系传承也得到了认可。
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南北朝时期，双方互不承认。南朝修史书称北朝为“索虏”，被列为“索虏传”。北朝修史书称南朝为“岛夷”，被列为“岛夷传”。北魏(当时尚未融入中国)正式与中国王朝形成南北对峙，为439年魏太武帝拓跋涛灭北凉，完成北方统一。此时，南宋建国19年，南北朝得到承认，原本是必须的。因此，南朝以南宋开始，而不是东晋或东吴开始。而北朝则追溯到386年，道武帝拓跋贵自称代王。
为什么南宋始于南宋？为什么不从东晋开始？