自封建时代初期以来，宫廷就设立了医疗机构。秦汉时期有太医令，隋唐时期有太医署，宋改为太医局，金代时期改为太医院，明清时期有长官。清太医院属于礼部领导，是一个独立的机构，“掌管医疗令，带领医疗事务”。除选拔人员通过礼部外，清太医院设长官一般独立行使行政业务，称为院长、副院长、左右医院判决、皇家医生10~15人、官目10~30人、医生20~40人、恩粮医生20~30人、切割医生(负贵药)20~30人。虽然清朝各朝的这种编制有所增减，但总体制度没有改变。医院使用五品官，御医均授七品官，准用六品冠带。
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清太医院原址位于紫禁城东墙(东华门北)，民国初年迁至地安门外东街路北。
清初，太医院分为大方脉、小方脉、伤寒科、妇科、溃疡科、针灸科、眼料科、口腔科、咽喉科、正骨科、痤疮科等11个科目。后来痘疹科被纳入小方脉，溃疡科被纳入口齿科。乾隆年间，太医院掌9科。清中叶后，将伤寒料、妇科并入大方脉，将溃疡科改为外科，取消针灸和正骨两科，@ 据光绪《会典》记载，太医院有五个科目：大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿料。
太医院应根据自己的行业和水平“给内庭”（服务内宫），轮流值班。值班分为内值和外值。内值在每个宫殿的外值，也称为宫殿值；外值在东药房值班，也称为六值。
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所有传唤太医院（值班）医生到大（宫），由皇家药房太监领导，诊断和治疗皇帝疾病处方，必须在皇家药房与太监合作，处方联合密封，然后报告处方中列出的药物性质和治疗方法，医生和太监在月（日期）签名，然后进入皇帝阅读。奏本（报告）后，本章登记入册，由太监接受，以便审计考试。
煎调御药时，太医院医官和御药房太监一起监视，将两种药结合起来，煎后倒入两杯。一杯由主治医官先尝，然后由法院判决和太监依次饮用，然后另一杯由皇帝服用。如果药品不按原方和未开明药品的味道和重量制备，或者虽然出具有错误，则以“极大的不尊重”为罪。
除礼部直接调聘外，清太医院的许多御医都是由各地保荐的。他们不仅具有深厚的中医理论和丰富的临床经验，而且具有良好的文学修养。在辨证施治中，理法井然，方药安全，尤其是慢性病理。没有真才实学的地方官员根本不敢向皇帝推荐。此外，宫廷用药丰富精良，民间无法企及。因此，太医院的医疗成就和医疗水平可以说代表了当时国家的最高医疗水平。
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为了培养宫廷医务人员，培养中医人才，清代太医院还设有医学教育教学厅，分为“内教”和“外教”。“内教”是教育太医院工作的医生，对有培养前途的医生进行再教育。“外教”是对太医院医官子弟或普通民学医师的教育和培养。教学部教官均由太医院选派知识渊博的医官担任。普通平民入学时，规定同乡北京官员推荐并向太医院报告，然后获得太医院医官的保证。同时，医院判决考试后，认为他们可以学习医学，并允许他们在医院等待，并按顺序更换。经过多次考核，这些学生确实“熟悉医理，身无过犯”，才能进入“外教厅”学习。学习期间，学习科目为雍正初年张景岳的《类经注释》、李明珍的《本草纲目》和张仲景的《伤寒论》每三年由礼部堂官到医院主持考试，录取后为医生。虽然晚清政府政务已经松驰，但对医官的教育和考察还是很认真的。
清朝太医属于什么官阶？太医院的医疗水平如何？