漠南蒙古察哈尔部首领林丹汗。自万历三十二年(1604年)察哈尔汗位以来，他一直试图炫耀自己属于成吉思汗的直系后裔，并声称自己掌握着大元传国玺，雄心勃勃地恢复祖先的伟大事业。自称“巴图鲁成吉思汗统一40万蒙古国主”，嘲笑努尔哈赤为“满洲水滨3万人”。从蒙古皇室的血统来看，林丹汗确实是蒙古汗位的正统继承人。然而，自从黄教传入蒙古以来，“大元后裔”的正统观念已经失去了吸引力，蒙古人多年来的传统信念也发生了变化。
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当时，蒙古各部门的许多头衔都是从达赖喇嘛那里接受的，如漠北土谢图汗、车臣汗、扎萨克图汗、赛音诺颜汗、漠南喀喇沁部昆都伦汗等。当时，察哈尔部仍然掌握着宗教权力，这自然不利于林丹汗，因此他也主动接近黄教。
自达赖四世进藏以来，漠南蒙古西部的土默特和鄂尔多斯失去了政治和宗教领袖，松散的联盟迅速分裂。林丹汗乘机进军西部，打破喀喇沁部，控制土默特和鄂尔多斯部。察哈尔部势力扩大，“东起辽西，西尽桃河，都被插入(察哈尔)要约，威行河套以西”。但林丹汗重振蒙古汗权的美好时光并没有持续多久，很快就被后金努尔哈赤征服了。漠南蒙古位于后金与明朝之间，东界后金，西南与明朝相连，成为明后金争夺的焦点。如果蒙古和明朝结合起来，后金就会腹背受敌；如果蒙古倒向后金，明朝北部的门户洞就会打开，京师就会受到威胁。林丹汗选择了与明朝合作抵御后金的道路。明朝“想用东方插汗小王子(林丹汗)以敌清朝”，就把原来给漠南蒙古各部的岁币转给了林丹汗，而林丹汗则经常威胁要帮助中国，邀请他们。
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在林丹汗的统治下，察哈尔部一度兵马强盛，在漠南蒙古不敢与之抗争。然而，由于林丹汗在征服战争中“兴兵掠夺”、“服从者接受，拒绝敌人被杀”、“昏昏欲睡”，漠南蒙古各部对他引起了强烈的不满。此时，后金势力越来越强大。努尔哈赤和他的继任者皇太极清楚地看到，林丹汗是他们征服蒙古的主要对手。只有摧毁林丹汗的力量，漠南蒙古才能服从命令。因此，后金利用蒙古各部对林丹汗的不满，逐一争取，对率部来回的首领给予厚厚的奖励，并授予官爵。于是科尔沁、翁牛特、郭尔罗斯、杜尔伯特、扎莱特、克什克腾等部门相继回归。
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崇祯元年(天聪二年，1628年)7月，喀喇沁等部门代表来到沈阳“乞讨盟”，与后金形成军事联盟，共同攻击林丹汗。皇太极亲带领满蒙联军攻击林丹汗，一直追击西喇木伦河流域。十月，皇太极回到沈阳。崇祯五年(天聪六年，1632年)三月，皇太极下令征集蒙古军队，再次出征林丹汗。昭乌达会齐后，他直接去了林丹汗的巢穴。5月27日，他攻占了归化城(今呼和浩特)。林丹汗狼狈逃到西土默特部，然后逃到青海大草滩，长痘病死。
崇祯八年(天聪九年，1635年)，皇太极派多尔根、岳托、萨哈廉、豪格率兵西征，直至河套地区，招抚林丹汗残部。林丹汗的妻子囊囊太后率1500户投降，林丹汗的儿子额哲带着传国玉玺率领1000户归降。皇太极三次用兵查哈尔，终于征服了整个漠南蒙古，使漠南蒙古的所有部门在后金的管辖下统一到漠北蒙古。当时主要由三个封建主集团统治。他们是土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗。喀尔喀三部后金征服漠南蒙古后，对漠北蒙古产生了巨大影响。
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皇太极利用这一有利形势，积极联系漠北蒙古。崇祯九年(天聪十年，1636年)二月，皇太极派使臣到喀尔喀三部，劝他们归附。同年11月，车臣汗首先派卫征喇嘛等“来书来朝，贡驼马貂皮等物”。崇祯十一年(崇德三年，1638年)三月，喀尔喀三部派使来朝，皇太极规定他们每年向清朝行“九白贡”，即贡“白骆驼一、白马八”。
此后，喀尔喀三部表文贡使络绎不绝，正式与清朝建立了臣属关系，辽阔的外蒙古属于清朝。
蒙古是如何回到清朝的？ 什么时候建立臣属关系？