南宋建炎初期，殿前指挥、侍卫马、步都指挥逐渐空置，从绍兴五年到绍兴七年，逐步恢复建制。
“五年冬，废神武中军隶殿前司，...以都督府兵分隶三衙。七年夏，复合马司余军和八字军是六军十二将，命刘信叔主之；解承宣潜典步军如故。自从三衙开始复工。”
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南宋末年，一线实力武将兼任制定使和安抚使，独立组建新军，对抗元军。其中，京湖制定使位于长江中游和汉水流域，两淮制定使位于长江下游和淮水流域，沿江制定使位于长江防御。
除了沿袭北宋的陆军，南宋朝廷还建立了一个强大的海军，以防止海岸线和长江沿岸的城镇。在高宗建炎四年（1130年），海军拥有11支舰队和3000名水手。孝宗淳熙元年（1174年）增加到15支舰队和21000名水手。在理宗嘉熙元年（1237年），有22支舰队和52000名水手。
绍兴十八年(1148年)殿前司由十二军编制，人数超过7万人。以殿前司为首的三衙军，在防御宫城和首都的同时，必要时也投入前线作战。朝廷设立了枢密院(文官)，统领全国军事权力。各地的军队都要冲锋陷阵，文官也被任命统治军政、用兵等权力。
由于长江-淮水-汉水地区是南宋与金、元对峙的前线，南宋沿江布置了足够的水军，沿海海军也得到了加强。南宋初期，江上和海上的防御主要由江上和海上的制定使用。后来，随着驻军的分配，海军也分散到各地。南宋中后期，沿江和沿海地区设立了20多名水军。各地水军的指挥系统属于沿江和沿海制造部门，有时也属于驻军的都统部门或殿前部门，没有定制。沿江、沿海地区有官方造船所，建造战舰，在特殊时期强征民用船舶为军用。
徐浦(苏州郊区)在各地水军中，靠近首都临安、(杭州湾北岸)、最重要的是定海(宁波郊区)。徐浦水军原属定海沿海制造部（浙东福建沿海制造部，明州定海）。它很快就回到了寺庙的前部，然后改编成了皇家前部的水军。嘉熙年间有11500名士兵，是南宋最大的水军。开禧元年有1500人，隶属于殿前司的甘浦水军。嘉熙年间，定海军隶属于沿海制造部，有6000人。宝佑二年(1254)在首都临安府设立殿前司浙江水军，兵员2800人，咸淳四年(1268)扩至1万人，成为最大的水军之一。此外，福建泉州殿前司左翼军有3000人，广东殿前司摧锋军有2000人。
高宗绍兴两年（1132）成立了沿海制造部门，以防止黄金人从海上偷袭。起初，沿海制造部门只有一个官方部署，然后分为浙东沿海制造部门和浙西沿海制造部门。它们分别位于平江府徐浦镇和明州定海县。这两家公司的废物不常见。最后，只有浙东沿海制造部门保留了这一点。沿海制造使例由当地规定，副使负责日常工作，通常是武术职务。
面对元军的南入侵，南宋末年殿前司系统的水军拥有数千人的兵力。除了临安附近的海防和江防，他们还参加了前线的抗元战役。南宋末年，在汉水和长江流域，京湖制定了吕文德指挥下的水军部队。襄阳战役进入粘附状态后，与吕氏集团关系密切的范文虎被任命为精锐水军，并很快被派往襄阳增援。
南宋殿前司与水军有什么关系？殿前司与水军的关系详细说明