明代内阁制度有自己鲜明的特点。
形成时间长，从未取得法定地位，从未成为中央一级正式行政机构。
从永乐开始，历代皇帝都在不同程度上把大政送到内阁。皇帝“不接见臣下，能统治世界的人，用阁臣票拟故耳”。然而，没有人敢承担违反祖先制度的罪行，也没有人愿意从已经完全胜利的皇权中拿出一部分与阁臣分享。内阁进展缓慢，从未成为中央一级正式行政机构。
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内阁与皇权矛盾重重，始终屈服于皇权的压力。
阁臣与皇帝的矛盾，除了反映为封还诏令之外，很多都反映在阁臣在中叶后不断提出辞职。皇权与内阁的矛盾也体现在明朝阁臣善终者少，政绩少。明代内阁权力不稳定，虽有严嵩，张居正之显赫，但他们一是乘皇帝静摄而代行皇权。一般来说，由于阁臣基本上来自文学侍从，入阁后的权力只取决于票拟采用的情况，表现为不稳定、无保障、无连续性。[20]
与汉、唐、宋相比，明代辅相的表现并不显著。一方面，这与入阁前的资格有关。汉、唐、宋的宰相都要经历郡邑，而明朝的阁臣基本上都是从翰林院出来的。他们没有政治经验，不知道民间疾苦，自然很难对政治事务提出切实可行的措施。但另一方面，由于权力不稳定，被司礼监挤压，被皇权压制，即使有抱负，也很难施展。
显然，这样的内阁只能鼓励皇权，而不能监督和约束皇权。在明朝，内阁从未成为对皇权的威胁。从这个角度来看，朱元璋废除总理的目的是实现。
内阁受制于司礼监，矛盾深刻，但又不得不走司礼监之路。
在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有朱权，是内外相维的双轨制。然而，双方地位的特殊性使得内阁难以与礼品监督竞争，双方权力的大小与皇帝的向后转移成比例。因此，他们之间不可能有真正的相互维护，只能有激烈的权力竞争。当皇帝宠爱司礼时，司礼夺取了刘瑾、魏忠贤等内阁权力；否则，权相就会出现，如严嵩、张居正等。
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严嵩、张居正之显赫，还得取悦司礼监，就是证明。
总的来说，有明朝一代，虽然内阁在制衡宦官方面发挥了一点作用，比如成化时期，由于阁臣的反复坚持，王志主持的西方工厂一度被撤回。但总的来说，内阁越来越受到司仪的约束。内阁被司仪式的监督所约束，因此明朝成为宦官最严重的王朝。
内阁和六部经常互相争斗，矛盾重重。
历代明初，六部属于宰相，凡事必须秉承宰相的意志。中书省自撤，提高六部秩序后，六部直接对皇帝负责，权力完整，在阁上。然而，随着内阁品味的提高和票拟权的提高，内阁比六部更接近皇帝，部权在不同的时间和程度上侵犯了内阁。然而，内阁毕竟不同于中书省。从制度上讲，六部不必服从内阁，而内阁则“一切政事，不是下部必不可行，不可行”。所以内阁借钱尊重势头，试图控制六部分，而六部分则钻内阁没有法定地位和权力的空子，试图摆脱控制。所以阁部经常争权，尤其是人事权。
内阁与六部的职权界限不明确，工作中的失衡极大地影响了明政府的行政效率。客观上，有利于司礼监的擅权乱政。
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内阁矛盾激烈。
特别是嘉靖之后，由于阁臣的任命、权力的大小、去留，阁臣之间的倾轧突出没有明确的规定。此外，由于第一辅助和第二辅助之间的权力差异，在启示录之前没有明确的职责分工。阁臣之间争夺权力的斗争十分激烈，尤其是“嘉靖以来的第一辅助不可避免地被挤压和排斥”。例如，严嵩拉拢科道弹劾翟銮，使翟被“削减为流氓”。严嵩和夏言相互排斥，导致夏言被抛弃。
在阁内的纠纷中，阁臣不仅培养了自己的势力，导致了明中叶以后的政治腐败。
从明代内阁制度的各种特点可以看出，当时内阁制度并没有成为与君主专制政体完全适应的辅助政治制度。内阁地位的特殊性使它成为矛盾收敛的地方。各种矛盾的发展都加剧了政治腐败。
明朝内阁制度的主要特点是什么？与其他朝代有什么区别？