经过
世祖应战
忽必烈早就为乃颜之乱做好了准备和行动。曾派伯颜等人窥视现乃颜动静，掌握了叛军活动的可靠情报。同时下令“驰女真、水达达地弓矢之禁”，试图缓解东北土著的不满，分散与叛军的联合，以“连年饥荒，移苏救之，今年仍尽量避免公赋，减少一半失去的皮布”。因此，当乃颜发难的消息传来时，忽必烈从容部署，立即筹备征讨事宜。一方面，他调兵遣将，“以不鲁和罕总侦探马赤军3000人出征”，作为平叛的先遣队伍；另一方面，由于蒙古军与乃颜的联系密不可分，忽必烈听取了叶李、伯颜等人对汉军的建议，召唤左城李庭至上都，统一汉军出征。与此同时，积极整顿内部，遣也首先传令北京等地宣慰司，凡录乃颜所有者禁止其往来，防止潜在叛军进行活动。又派人入敌，派阿沙不花等游说诸王，“纳牙悦许之，诸王之谋皆解”，有效瓦解了叛军的同盟。
进剿乃颜
在这一切准备就绪后，忽必烈于元朝24年5月（1287年）开始。他的统一军队是博罗欢指挥下的五名军队前锋和李婷指挥下的汉军，玉昔帖木儿指挥的军队于6月3日抵达撒儿都鲁（今天是内蒙古奈曼旗南）。在这里，元朝官军先后与叛王将领黄海、塔不台相遇。叛军自称十万，实则六万，元军数量上处于劣势，忽必烈却利用舆论贸然临阵，试图以大汗的气场威胁叛军，使其自动投降。但叛军弓劲射，全力攻击象舆。忽必烈被迫下舆乘马，以汉军前列步战迷惑叛军。塔不台害怕中伏引退，忽必烈采纳了李庭之的建议，组织敢死队在夜间炮轰叛军阵地，结果叛军大乱，仓促败退。元代诗人王云对这场战役描述道：“横空云作阵，包抱如长城。任使前，万矢飞扶枪。我师静而待，衔枚听声。半夜机石发，万火随雷轰。少须短兵接，天地震惊。前徒即倒戈，溃败如山崩”。
随后，另一支平叛军，即玉昔帖木儿领导的蒙古军，与忽必烈的大军会师。被忽必烈阻止的李庭欲率领汉军追击乃颜。此时，乃颜已东撤到大兴安岭西侧的不里古都伯塔哈(蒙语borgutuboldagha，翻译为“鹰孤山”)。在玉昔帖木儿的指挥下，元军追踪乃颜，以求与之决战。玉昔帖木儿以钦察将领玉哇失为前锋，突骑先登，陷阵战，后军继之。叛军溃散，乃颜出逃，失列门林之地为元军生擒。忽必烈立即处死了乃颜。根据马可波罗的说法，乃颜是按照蒙古人处死贵族时不见血的传统受刑的，即捆绑后裹在毡毯上，然后反复拖曳抛掷，被撞死。他的妻子也被处死了，他们的尸体还在河里。一般认为这条河是西拉木伦河。
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扫荡余党
乃颜虽然被俘，但其他党势都儿、哈丹等仍在活动中。木儿带领玉昔帖回到哈拉哈河，扫荡呼伦贝尔草原。元军追溯迷河(今伊敏河)，北至海拉儿河(即海拉尔河)，东至大兴安岭北端蒙可山，追压甚至颜残至嫩江。至元二十四年九月(1287年)，玉昔帖木儿师还。元军俘虏乃颜时，忽必烈本人已从哈拉哈河逾大兴安岭缓缓东行，此后由辽东班师。
虽然元军在元二十四年(1287年)的军事行动取得了巨大成功，但未能完全镇压东道叛王。合赤温系诸王哈丹秃鲁干逃往嫩江、黑龙江，干脆以这个地方为新地盘，带领其余部分继续与元廷对抗。至元二十五年(1288年)，忽必烈命皇孙铁穆耳(即后来的元成宗)、大将玉昔帖木儿再次出征。战争从大兴安岭山麓一直延续到高丽境内。直到元二十九年(1292年)哈丹在鸭绿江源战败自杀，元朝才最终扑灭了混乱的余烬。
影响
乃颜死后，参与叛乱并被元军俘虏的调赤斤后，王部众多被籍没，部分被迫迁入江南，东道诸王势力大衰。元廷还在肇州城(今黑龙江肇州西南、松花江畔)设立，迁往西北吉里吉思等部东居，并组织当地各族人民在该地区开垦。然而，没有直接参与叛乱的调赤斤是国王的所有部门，并没有被元廷剥夺。塔察的长子乃蛮带(乃麻歹)也率领部门参加了乃颜死后元军对哈丹秃鲁干的战争，因此他被允许继承调赤斤后王的位置，并在元武宗至元年(1308年)被授予“一字王”寿王称号。另一方面，元廷利用混乱的机会，加强了东北与中原的交通联系，成立了辽阳等中书省，正式将东北地区置于中央政府的有效控制之下，加强了当地的统治。
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逸事
马可波罗自称参加过忽必烈亲征乃颜的战斗。据他记载，乃颜举兵反元时，曾将十字架徽标上自己的战旗，在他的军队中有大量的基督教信徒。元赵世延的《应昌路曼施山新建龙兴寺》讲述了忽必烈出征乃颜的故事，称之为“离佛正法”。另一篇汉文史料还提到“叛始因妖言混淆，遂谋不轨”。当时相当多的蒙古人信奉景教(基督教聂斯脱利派)。因此，所谓“离佛正法”的“妖言”，在这里很可能是指被乃颜用来动员反元动员的景教。
乃颜之乱的过程是什么？ 乃颜之乱的结果如何？